В 1452 г. (по другим сведениям, в 1449 г.) граф Кефалинии и Закинфа Леонардо III Токко объявил о восстановлении на островах православной епископии (подчинённой Коринфскому митрополиту), что было подтверждено в 1463 г., когда на кафедру был поставлен известный своей учёностью Герасим (Ловердос) с титулом епископа Кефалинийского, Закинфского, Итакского и Строфадского. Он скончался в 1519 г. в возрасте 120 лет. Кафедра латинского епископа была перенесена в Закинф. Епископ Герасим, а затем его сын Афанасий и внук Софроний управляли епархией из своего родного села Кондойенада. В 1545 г. паства просила перенести епископскую резиденцию в крепость Агиос-Георгиос. Хотя эта просьба была одобрена венецианским сенатом, до конца XVI в. епископы не жили в крепости. В 1479 г. Кефалинию захватили турки, но в 1500 г. она была отвоёвана Венецией. По сравнению с Керкирой число католиков на Кефалинии было невелико, а после османского завоевания они покинули остров. Владения латинской епископии перешли к православной, но после 1500 г. были возвращены католикам. Православная Кефалинийская и Закинфская епископия не была подчинена латинской, а существовала параллельно (например, папская булла 1519 г. запрещала католическому клиру вмешиваться в дела православных). На веротерпимость указывает ряд документов, например, завещаний, составители которых делали вклады как в католические, так и в православные храмы. Протопресвитеры, упоминаемые в источниках с 1520 гг., не обладали столь широкими полномочиями по сравнению с протопресвитерами на Керкире и Закинфе. После перехода под власть Венеции разорённые и обезлюдевшие от пиратских набегов Ионические острова были заселены греками с Пелопоннеса (в 1499–1500 гг. – из Модона (Метони) и Корона, в 1540–1543 гг. – из Нафплиона и Монемвасии), Крита, албанцами и выходцами из государств Апеннинского полуострова. Управление Кефалинией осуществлял венецианский наместник (проведитор) и два его советника при участии Совета, включавшего помимо членов местных знатных фамилий ремесленников и земледельцев. Это связано с поздним социальным расслоением на Кефалинии, с отсутствием значительного числа знати, сформировавшегося сословия горожан и чёткого разделения на сельское и городское население. Недостаточное число жителей итальянского происхождения и греческой знати, которые бы отождествляли свои интересы с интересами венецианцев, сказалось на функциях Совета, не обладавшего в XVI в. такими же правами, как Советы на Керкире и Закинфе. Если на Керкире в этот период общество делилось на сословия благородных (nobili), горожан (cittadini), простолюдинов (populani, populari) и крестьян (villani, contadini), то на Кефалинии до XVII в. для обозначения основных категорий населения использовались термины «жители» (habitanti) и «первенствующие» (primi, primari). Cittadini впервые упоминаются в 1543 г., в то время на острове их было не больше 12 человек. В 1555 г. на Кефалинию прибыл преподобный Герасим Кефалонийский, впоследствии ставший самым известным из местных святых и покровителем острова. Сначала он подвизался в пещере в местности Ласи, а в 1560/1561 г. переселился в местность Омала, где основал монастырь Новый Иерусалим (ныне Герасима Кефалонийского монастырь).