Уроженцами Кефалинии были братья Иоанникий и Софроний Лихуды, преподававшие в Москве (см. в ст. Славяно-греко-латинская академия). Кефалиниец Афанасий Скиада, преемник Софрония Лихуда на посту профессора, составил описания греческих и славянских рукописей Синодальных библиотеки и типографии. В правление императора Петра I на русской службе были и другие греки-кефалинийцы: Иаков Пиларинос или Пелярино (главный врач Петра I), Герасим Фока (духовник Петра I), Георгий Поликала (лейб-медик императрицы Екатерины I). С Кефалинии также происходили писатель и проповедник Илия (Миньятис; 1669–1714 гг.), епископ Керницкий и Калавритский, философы и богословы Викентий Дамодос (1700–1752 гг.) и его родственник и ученик Антоний Мосхопулос (1728–1788 гг.), а также константинопольский иерокирикс Николай Мавроидис (1708–1788 гг.), составивший сборник апологетических и полемических проповедей на Великий пост. С 1718 г. к избранию архиепископа стали допускаться кандидаты с Закинфа, с тем, чтобы каждый третий архиерей был родом с этого острова, но эта очерёдность не соблюдалась. В 1777 г. на Кефалинии проповедовал равноапостольный Косма Этолийский. Кефалинийцы приняли его с большим уважением, тогда как с Закинфа проповедника прогнали. Во второй половине XVIII в. архиепископская резиденция была перенесена в Аргостолион, ставший столицей острова с 1757 г. В 1751 и 1784–1785 гг. был реформирован Совет, в том числе значительно сокращено число его членов (150, затем 80) и запрещено участие ремесленников и земледельцев. Когда в июле 1797 г. на острове высадились французские войска, местные жители встретили их с энтузиазмом. Архиепископ Иоанникий (Аннинос) благословил дерево свободы, «Золотая книга» со списками знатных семей, обладавших привилегиями, была брошена в огонь, кефалинийские якобинцы даже предполагали восстановление культа древнегреческих богов. Был образован департамент Итаки, в который вошли острова Кефалиния, Лефкада, Итака и города материковой Греции – Превеза и Воница. Однако усиление налогового гнёта и дурное обращение вскоре вызвали разочарование у местных жителей. Когда в октябре 1798 г. к острову прибыл российский и турецкий флот под командованием вице-адмирала Фёдора Фёдоровича Ушакова, кефалинийцы подняли восстание против французов. На Ионических островах была провозглашена автономная Республика Семи Соединённых Островов под двойным протекторатом – России и Турции (1799–1807 гг.). В 1799 г. архиепископ Иоанникий (Аннинос; 1787–1817 гг.) получил титул митрополита от Константинопольского патриарха Неофита VII, а Закинфская епархия была отделена от Кефалинийской. В 1803 г. православное вероисповедание было провозглашено господствующим на острове. По Тильзитскому миру Кефалиния снова перешла под французский контроль (1807–1809 гг.), в 1809 г. она была занята английским флотом, и в 1815–1864 гг. Ионические острова оставались под протекторатом Великобритании. Конституция 1817 г. закрепляла главенствующее положение на островах православной церкви. Англиканская церковь, которая в этом документе также названа православной, имела привилегированный статус. В Ионической республике учреждалась «Ионическая Церковь», состоявшая из семи митрополий (каждый остров имел собственного митрополита), номинальным главой являлся архиепископ – один из семи митрополитов, назначаемый на этот пост на пять лет и одновременно становившийся членом сената.