Избрание архиереев утверждалось английской администрацией, а затем одобрялось Константинопольским патриархом. Однако порядок избрания митрополитов был регламентирован только в 1833 г., до этого они назначались верховным комиссаром. После смерти митрополита Иоанникия кафедра несколько лет оставалась вдовствующей, английские власти назначили местоблюстителем сначала закинфского протопресвитера Георгия (Гарзониса; 1817 гг.), а затем Агафангела (Типалдоса-Козакиса), бывшего епископа Триполи Сирийского (1817–1821 гг.). Агафангел был отстранён от должности из-за своих симпатий к Греческой национально-освободительной революции (1821–1829 гг.). Верховный комиссар Томас Мейтленд без выборов назначил митрополитом Парфения (Макриса или Пасумакаса; 1821–1842 гг.). Согласно закону 1833 г., кандидатуру митрополита, выдвинутую собранием духовенства острова, утверждали сначала верховный комиссар с сенатом, а затем Константинопольский патриарх. Если кандидатура отклонялась, то её место занимал следующий по количеству набранных голосов претендент. Так, в 1842 г., во время архиерейских выборов, большинство голосов получил Константин (Типалдос-Иаковатос), но из-за его нелояльности к англичанам и выступлений против браков между родственниками сенат утвердил другого кандидата – Спиридона (Кондомихалоса). Тот отлучил от церкви одного из руководителей антианглийского восстания 1849 г. – иерея Григория Запандиса-Нодароса, а также писателя-сатирика Андреаса Ласкаратоса за его антицерковное сочинение «Кефалонийские таинства». Всего за годы архиерейства этим митрополитом было наложено беспрецедентно большое число отлучений – 157 (из них 79 случаев касались краж, 43 – убийств, шесть – разбоя, восемь – причинения материального ущерба, шесть – поджогов, три – телесных повреждений, по одному – незаконного брака, блуда, совращения малолетних, пропажи человека, четыре – кражи животных, два – убийства животных). После воссоединения в 1864 г. Ионических островов с Грецией митролит Спиридон (Кондомихалос) в течение трёх лет сопротивлялся подчинению своей епархии Элладской православной церкви. Из кефалинийских церковных писателей и проповедников XIX в. исследователям наиболее известны Герасим (Соломос), иеродидаскал Евсевий (Панас) и Константин (Типалдос-Иаковатос). В 1928 г. на Кефалинии насчитывалось 110 церквей, проживали 66 тыс. верующих. Во время Второй мировой войны Кефалиния сначала была захвачена итальянцами, а в 1943 г. – немцами. В 1953 г. остров пострадал от сильного землетрясения. Были разрушены многие церкви византийской эпохи и более поздние сооружения, в том числе кафедральный собор Спасителя в Аргостолионе (Аргостоли). Новый собор Евангелистрии (в честь Вознесения Господня) был построен в 1957 г. Иконостас для этого храма перенесли из церкви Пресвятой Богородицы «ту Фусату», часть его икон была написана знаменитым художником Теодоросом Пулакисом. 5 декабря 1979 г. 3 тыс. верующих оцепили митрополичью резиденцию, требуя удаления с кафедры митрополита Прокопия (Менутиса), который отделил от мощей Герасима Кефалинийского часть руки и передал её в дар богатой семье судовладельцев. Митрополит Прокопий (Менутис) покинул остров и предпринял попытку вернуться только спустя полтора года. 7 тыс. человек собрались в аэропорту, чтобы воспрепятствовать возвращению митрополита.