В июне 1960 г. монастырский комплекс был обследован экспедицией Русского музея в составе научного сотрудника Ирины Яковлевны Богуславской и художника-реставратора Нины Александровны Шапошниковой. И.Я. Богуславская подготовила отчёт о проделанной работе, куда вошло описание архитектуры Никольского собора и его живописного убранства. 30 августа 1960 г. по постановлению Совета Министров РСФСР комплекс Краснохолмского Антониева мужского монастыря как архитектурный объект был взят под охрану государства. Однако границы охранной зоны памятника не были установлены. Это позволило часть зданий бывшего монастыря по-прежнему использовать под жильё, другая же часть зданий ветшала, и местные жители разбирали строения на кирпичи. В 1967 г. комиссией Методсовета и московским архитектором Центральных научно-реставрационных проектных матерских Борисом Львовичем Альтшуллером вновь был обследован Никольский собор; в конце 1960 гг. провели новые консервационные работы. В 1969 г. Елена Николаевна Подъяпольская составила первый паспорт на памятник. В 1971 г. реставратор первой категории Всесоюзная центральная научно-исследовательская лаборатория по консервации и реставрации музейных ценностей (ВЦНИЛКР) Геннадий Васильевич Жаренков и старший научный сотрудник Калининской областной картинной галереи Валерия Фёдоровна Гершфельд провели исследования настенной живописи собора. Был предложен комплекс мер по спасению фресковой живописи, но реставрация не была начата. Охрана монастырского комплекса как исторического архитектурного объекта вновь была подтверждена Постановлением Совета Министров РСФСР от 4 декабря 1974 г. «О дополнении и частичном изменении постановления Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 г. “О дальнейшем улучшении дела охраны памятников культуры в РСФСР”». Паспорт на монастырский комплекс как на памятник архитектуры, составленный в апреле 1980 г. архитектором Ведущей проектной научно-реставрационной компании (ВПНРК) Георгием Константиновичем Смирновым, ещё раз подтвердил, что на территории Калининской области находятся уникальные памятники архитектуры конца XV в. и монастырский комплекс XV–XVIII вв. По итогам исследования и археологических раскопок 1991 и 1995–1996 гг. также был сделан вывод, что архитектурный комплекс монастыря является памятником русского культурного наследия. В 2005 г. настоятель Николо-Кладбищенского храма города Красный Холм священник Василий Симора установил на территории Краснохолмского Антониева мужского монастыря поклонный крест и возобновил традицию крестного хода из города к обители. В 2010 г. по благословению архиепископа Тверского и Кашинского Виктора (Олейника) иеромонах Силуан (Конев) был назначен штатным священником в городе Красный Холм с полномочиями по восстановлению монастыря. Территория и частично уцелевшие постройки Краснохолмского Антониева мужского монастыря находятся в федеральной собственности. В 2011 г. в Краснохолмском краеведческом музее открылась экспозиция, посвящённая монастырю. В августе 2013 г. Краснохолмский Антониев мужской монастырь был зарегистрирован как Краснохолмское Свято-Николаевское архиерейское подворье. Настоятелем подворья был назначен иеромонах Силуан (Конев). Богослужения совершаются в храме преподобного Зосимы и Савватия Соловецких в деревне Слобода.