В 1783 г. в монастыре была открыта церковноприходская школа, а с 1809 по 1834 гг. действовало духовное училище. В XIX в. монастырская библиотека насчитывала больше 300 печатных книг и две рукописи, имела богатый старинный рукописный архив XVI–XVIII вв. В 1850 г. в Краснохолмском Антониевом мужском монастыре был сильный пожар. К 1917 г., по воспоминаниям, монастырь уже был лишён своего былого великолепия. В 1917 г. Краснохолмский Антониев мужской монастырь был закрыт, последним настоятелем (с 1914 г.) служил игумен Иоанн (Гречников). Настоятелями Краснохолмского Антониева мужского монастыря служили (список неполный): игумен Иона III (1635–1639 гг.); игумен Иоасаф (1647–1654 гг.); игумен Сергий (Клоков; в 1795 г. переведённый в ростовский Борисоглебский монастырь), автор переводов с греческого языка «Слова иже во святых Отца нашего Григория, епископа Неокесарийского, переведённые с Еллиногреческого языка на славянороссийский Императорской Академии Художеств законоучителем, Краснохолмского Николаевского Антониева монастыря архимандритом Сергием» (СПб., 1792 г.); игумен Анатолий (Смирнов; 1869 – 1915/1916 гг.; с 1887 г. – архимандрит), автор исторических описаний обители; игумен Рафаил (Трухин; с 1899 г.; ум. в 1901 г.); игумен Иоанн (Гречников; 1914–1917 гг.). В 1564 г. в Краснохолмском Антониевом мужском монастыре проживали 201 человек, в 1575 г. – 171 челове (31 человек братии и 140 человек – диаки и монастырские служители). В дозорной книге Долмата Тишнева на 1570 гг. приводятся данные о 47 насельников вместе с игуменом («Дозорная книга». 2001 г.). В 1720 гг. в обители проживали 72 человека братии (в том числе десять иеромонахов) и больше сотни разного рода служилых людей. До 1861 г. в монастыре были штатные служители. После 1861 г. Краснохолмский Антониев мужской монастырь стал получать 300 руб. в год на наём рабочих. В 1876 г. в братстве состояли 15 человек, в том числе игумен, казначей, два иеромонаха, три иеродиакона и восемь послушников; в 1899 г. – 26 человек, в том числе настоятель, четыре иеромонаха, иерей, два иеродиакона; в 1908 г. – 22 человека, в том числе игумен, семь монахов, 14 послушников; в 1918 г. – 16 человек, в том числе настоятель, пять иеромонахов, три иеродиакона, два монаха, бывший игумен; в 1920 г. – 12 человек (настоятель, семь иеромонахов, бывший игумен, три послушника). Сохранилось описание иконы Николая Чудотворца, обретённой старцем Антонием, которая находилась в Никольской церкви: «...Длин. 6 верш., шир. 5 верш., по полям и оплечью оклад и венец серебряные, чеканные, вызолоченные, в венце 4 камня зеленых и 4 красных... В XVII столетии она помещалась на аналогие близ царских дверей, венец на ней обведён был ниткой жемчуга, а пелена под нею вся была низана жемчугом. Эту пелену в последний раз мы видим в описи 1680 года, а потом жемчуг, должно быть, употреблён был на вышепомянутую местную икону Святителя Николая». В Краснохолмском Антониевом мужском монастыре хранилась и древняя Владимирская икона Божьей Матери, «длин. 6 верш., шир. 5 верш., в ризе серебряной вызолоченной», которая также считалась «явленною преподобному Антонию вместе с иконою св. Николая». Игумен Анатолий отмечал: «Обе последния иконы вставлены в одну доску в киот за левым столбом, а на зиму переносятся в Покровскую церковь».