Из расходной книги 1637 г. исследователям известно, что над могилами Шереметевых были надгробия, которые обшивали материей. В различное время на территории Краснохолмского Антониева мужского монастыря были захоронены: преподобный Антоний; предположительно строитель, впоследствии игумен Герман (1482 – около 1493 гг.), игумены Паисий I (1494 г. – начало XVI в.), Вонифатий (после 1520 г.), Макарий и Арсений, известные исследователям только по синодику; Стефан (1530–1540 гг.), инок Иона (Антропов; ум. в 1591 г.), инок Варлаам (Муранов; ум. в 1592 г.), Фёдор Иванович Ловчиков (в постриге Феодосий; ум. в 1657 г.), архимандрит Митрофан (ум. в 1745 г.), игумен Иосиф (ум. в 1756 г.; его останки были обнаружены и обследованы в ходе археологических раскопок в западном притворе Никольского собора в 2008 г.), архимандрит Марк (ум. в 1767 г.), игумены Иларион (ум. в 1797 г.), Макарий (Новоникитский; ум. в 1791 г.), Иоасаф (ум. в 1829 г.), архимандриты Павел (Алимпиев; ум. в 1836 г.), Паисий (ум. в 1853 г.), Иннокентий (Одинцов; ум. в 1861 г.), игумен Рафаил (Трухин; ум. в 1901 г.); Домонтиан Быков, Семён Андреевич Нелединский, Матвей Чёртов (ум. в 1537 г.), Андрей Игнатьевич Прокофьев (по прозвищу Басман; ум. в 1575 г.), Алексей Львович Ушаков (ум. в 1629 г.), князь Василий Иванович (ум.  в 1629 г.), Андреян Петрович Ураков (ум. в 1654 г.), думной дворянин Стефан Богданович Ловчиков (ум. в 1711 г.), полковник Иван Иванович Ушаков (ум. в 1793 г.). В 1917 г. Краснохолмский Антониев мужской монастырь был официально закрыт, во второй половине 1920 гг. насельники изгнаны, постройки разорены. 12 июля 1929 г. по постановлению ВЦИК «О составе округов и районов Московской области и их центрах» город Красный Холм стал центром вновь образованного Краснохолмского района в составе Бежецкого округа Московской области. В январе 1935 г. Краснохолмский район вошёл в состав Калининской области. Разместившийся в стенах обители «Жилкомхоз» имел скотный двор, курятник, кроликовую ферму. В 1922 г. из Краснохолмского Антониева мужского монастыря были вывезены церковные ценности. В 1930 гг. практически полностью была разобрана каменная ограда, разрушены колокольня и церковь св. Иоанна Предтечи, начата разборка Никольского собора. В 1931 г. полуразрушенный Никольский храм был обмерен техником Маргуновой. По воспоминаниям местных жителей, в 1930 гг. на территории обители размещались машинно-тракторная станция, дом культуры, общежитие для рабочих. Определённый ущерб постройкам Краснохолмского Антониева мужского монастыря нанесла дорога, проложенная по монастырской территории. В 1947 г. студенты и аспиранты Московского архитектурного института с научной целью посетили монастырь и сделали подробные обмеры (планы, фасады и разрезы) частично разрушенного Никольского собора. В 1948 г. старший инспектор по охране памятников Н.А. Барулин обследовал остатки монастырского комплекса и составил план монастыря. Научные изыскания привели к тому, что в начале 1950 гг. в Никольском соборе были проведены первые консервационные работы.