В XIX в. особо чтимой являлась и местная икона Николая Чудотворца с чудесами: «Икона эта известна была ещё в XVI столетии и тогда на ней был серебряный оклад игумена Иосифа, похищенный, должно быть, в литовское время, так как в 1631 году на ней серебряный вызолоченный оклад был духовника государыни великия инокини Марфы Иоанновны чернаго священника Ионы» (местонахождение святынь после закрытия Краснохолмского Антониева мужского монастыря исследователям неизвестно). Первоначально постройки были деревянными. Строительство каменного собора началось в 1481 г. при участии преподобного Антония, а также, как полагают исследователи, Угличского князя Андрея, сына великого князя Московского Василия II Васильевича Тёмного, в наследственный удел которого входила территория Бежецкого Верха, и, как полагают исследователи, представителей рода местных землевладельцев Нелединских-Мелецких. Продолжалось строительство храма при преемнике преподобного Антония игумене Германе до 1490 гг. Собор был освящён во имя Николая Чудотворца, придел – в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. С разных сторон Никольского собора размещались братские захоронения. В 1494 г., при игумене Паисии, было начато строительство каменного храма с трапезной, освящённого во имя великомученика Димитрия Солунского. В XVI – начале XVII в. в ограде Краснохолмского Антониева мужского монастыря ещё сохранялась первая деревянная церковь. В 1590–1594 гг. была построена трапезная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Монастырь был обнесён деревянной оградой с «красными вратами» с восточной стороны, над которыми возвышалась деревянная церковь великомученика Никиты с приделом во имя преподобного Макария Египетского. В 1599 г. эта церковь была перестроена и переосвящена в честь Вознесения Господня, во имя великомученика Димитрия Солунского и святых князей Бориса и Глеба. К началу XVII в. на территории обители также находились деревянная колокольня с восемью колоколами и часами, игуменские келейные покои, двадцать братских келий с больницей, служебные и хозяйственные постройки (казначейская, келарская, «погребная», хлебная, пономарская, «поварня естовная», «строжняя», гостиница). За оградой стояли мельница, конюшня, «служен дворец» для работников (до 70 человек), воловий двор. В начале XVII в. Краснохолмский Антониев мужской монастырь подвергся разорению и разрушению от польско-литовских интервентов. Восстановление обители продолжалось до конца XVII в. В 1683 г. каменный Никольский собор XV в. был расписан фресками на деньги стольника Якова Васильевича Нелединского. Над предполагаемым местом погребения преподобного Антония была возведена церковь во имя Всех святых (1690 г.), пристроенная к Никольскому собору. В 1650 г. вместо разобранной надвратной трёхпридельной церкви (Вознесения Господня, великомученика Димитрия Солунского и святых Бориса и Глеба) был построен деревянный храм в честь Вознесения Господня с приделами великомученика Димитрия Солунского и преподобного Алексия, человека Божия. В 1690 г. эта церковь была разобрана и перенесена на остров, а в конце XVII в. на её месте над восточными святыми воротами была возведена каменная Вознесенская церковь.