Среди них – древнейший из известных документов монастыря, сохранившихся в оригинале, – выкупная запись Серко Федорова сына Олвсофиева и Семёна Дмитриева сына Олвсофиева на «половину деревни Медведева у игумену у Енатия з братиею щнтонова монастыря» 1545/1546 г. (Российский государственный архив древних актов). Копии отдельных актов Краснохолмского Антониева мужского монастыря отложились также среди документов экономических казначеев в Углицкой провинции (Российский государственный архив древних актов) и в составе грамот Коллегии экономии по Бежецкому уезду (Российский государственный архив древних актов). Основной письменный источник сведений по истории Краснохолмского Антониева мужского монастыря – «Летописец о зачатии Бежицкого верху Николаевского Антониева монастыря и о строении церквей Божиих и о дании в обитель сию великих князей и боляр и прочих благодетелей», составленный неизвестным автором, как полагают исследователи, насельником, в конце XVII в. В нём содержатся сведения об основании и о ранней истории обители. Первая дата «Летописца» – основание Краснохолмского Антониева мужского монастыря в 1461 г., последняя (1593 г.) – земельное пожалование в монастырь «по своей душе и по своих родителех» от А.И. Маслова. Рукописный оригинал «Летописца», хранившийся изначально в архиве монастыря, в 1778 г. был отослан в Тверскую духовную консисторию. В XVIII в. с оригинала «Летописца» были сделаны две копии, одна из которых осталась в монастыре, другая – в консистории (текст «Летописца» был напечатан). Комплекс письменных источников дополняют материалы археологии. В 1991 г. и 1995–1996 гг. на территории Краснохолмского Антониева мужского монастыря работали экспедиции Валентина Александровича Булкина и Алексея Маратовича Салимова. Фотографии монастыря представлены в фондах Центрального государственного архива кинофотодокументов Санкт-Петербурга, Государственного научно-исследовательского музея архитектуры имени А.В. Щусева, Института истории материальной культуры РАН. Церковная утварь из монастыря после революции была передана в государственные музеи, отдельные предметы присутствует в фондах Тверского государственного объединённого музея,  Московского государственного объединённого художественного историко-архитектурного и природно-ландшафтного музея-заповедника «Коломенское». Согласно монастырскому «Летописцу», Краснохолмский Антониев мужской монастырь был основан «священноиноком пустынножителем старцем» преподобным Антонием, который пришёл с земель белозерских. Оказавшись в Городецке (ныне город Бежецк Тверской области) в пределах вотчинных владений бояр Нелединских-Мелецких, старец заболел. Выздоровев, преподобный Антоний решил поселиться недалеко от города в уединённом месте. По прошению старца землевладелец А.В. Нелединский-Мелецкий позволил ему построить часовню у рек Неледина и Могоча. Вскоре к пустынножителю стали приходить люди, постепенно собралась братия, и возник монастырь. По одному из преданий, однажды ночью преподобный Антоний увидел из окна кельи необыкновенный свет. На том месте, где увидел «чудное зрелище», он обрёл на дереве икону Николая Чудотворца.