По свидетельству монахини Казанского монастыря Варвары, следившей за чистотой окладов Явленной Казанской иконы, будничная риза, в которой была украдена святыня, была «старинной», более ценной, а праздничная риза – «новой». Под шитой драгоценной жемчужной будничной ризой находилась древняя золотая (дар царя Фёдора Ивановича). На суде товарищ прокурора Казанской судебной палаты Иван Фёдорович Покровский высказал мнение, что Явленная Казанская икона была сожжена. На квартире Варфоломея Стояна в печи были найдены обгоревшие остатки икон (из храма Казанского девичьего монастыря был также украден Нерукотворный образ Спасителя), петли от бархатной обкладки Явленной Казанской иконы, узнанные монахинями монастыря, куски бархата, тесьмы, слюда и разной величины кусочки левкаса («грунтовки») с золочением. Е. Шиллинг, мать сожительницы Варфоломея Стояна П. Кучеровой, показала на суде, что обе иконы были порублены и сожжены Варфоломеем Стояном. Варфоломей Стоян отрицал участие и в краже, и в уничтожении иконы, сознаваясь лишь в покупке краденых драгоценностей. На заседании суда все подсудимые на вопрос, где святые иконы, упорно молчали. Варфоломей Стоян и его подельник А. Комов были приговорены к лишению всех прав, состояния и к ссылке на каторжные работы на 12 и 10 лет соответственно. Вскоре Варфоломей Стоян бежал из мариупольской тюрьмы, но был арестован в Харькове. В 1909 г. его заключили в одиночную камеру Шлиссельбургской крепости. Существовали версии, что Явленная Казанская икона не была уничтожена. Полагали, что она была продана старообрядцам и находится в одной из молелен Казани, Москвы, Уфы или Коврова. В Казанском девичьем монастыре бытовало предание, что Явленная Казанская икона на ночь заменялась другой иконой. В 1904–1905 гг. в связи с утратой святыни развернулась полемика о том, была ли украдена в Казани Явленная Казанская икона, и не является ли таковой Московская икона, находящаяся в Казанском соборе на Красной площади. Большинство историков не придерживались этой точки зрения. Поиски Явленной Казанской иконы неоднократно предпринимались, в том числе по инициативе членов императорской семьи. По просьбе великой княгини Елизаветы Фёдоровны в Шлиссельбургской крепости Варфоломея Стояна допрашивал князь Алексей Александрович Ширинский-Шихматов. Икону надеялись обрести к 300-летию Дома Романовых. К этому событию по инициативе великой княгини Елизаветы Фёдоровны на месте явления иконы, под алтарём Казанского собора девичьего монастыря, в подвальном этаже, 20 апреля 1913 г. был освящён пещерный храм-часовня в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Настоятельница монастыря с сёстрами преподнесли великой княгине Елизавете Фёдоровне «точный список с явленной чудотворной» Казанской иконы. Собственное расследование организовал Ермоген (Долганёв), епископ Саратовский и Царицынский. Много лет этим занимались чиновники особых поручений Департамента полиции Министерства внутренних дел, где хранилось два обширных тома секретных документов 1910–1917 гг. под названием «О похищении в г. Казани из девичьего монастыря чудотворной иконы Казанской Божией Матери». Надежда на то, что икона не была сожжена и может быть найдена, сохраняется и до настоящего времени.