Царь Фёдор Иванович повелел выстроить в девичьем монастыре вместо деревянного Одигитриевского храма каменный. Новый храм заложили в Неделю жён-мироносиц, 14 апреля 1594 г., центральный престол в честь «Пречистыя Владычицы нашея Богородицы и Приснодевы Мария, честнаго и славнаго Ея Одигитрия чудотворнаго образа явления» и двух придельных – в честь Успения Пресвятой Богородицы и во имя святого Александра Невского – освятили 27 октября 1594/1595 г. (впоследствии икона стала называться Казанской, а освящённый в её честь центральный престол – Казанским). К освящению каменного храма царь пожаловал «деисус большой, обложен сребром того же лета [в том же году]», иконы, книги, ризы, церковную утварь. Явленная Казанская икона была украшена царским казначеем Деменшей Ивановичем Черемисиновым (сыном воеводы Ивана Черемисинова, принимавшего участие во взятии Казани) золотым окладом с драгоценными камнями и жемчугом («златом, и камением драгим, и жемчюгом великим»). Всё необходимое насельницам девичьего монастыря, которых было уже 64, посылалось из царской казны. Описанием построения каменного монастырского собора и убранства явленного образа завершается «Повесть…» митрополита Гермогена. Явленная Казанская икона была небольшого размера, это косвенно подтверждается тем, что она была завёрнута в рукав однорядки. Размер иконы (6×5 вершков, или 26,7×22,3 см) приводится казанским церковным историком профессором Казанской духовной академии Григорием Захаровичем Елисеевым (тот же размер указан и в описи Казанского девичьего монастыря 1853 г.). По описаниям XIX в., икона была «письма греческаго, цвета темнаго», изображение Богоматери погрудное, рук не видно, голова склонена к Младенцу Христу, изображённому прямолично, стоящим. Его правая рука отведена в сторону в жесте двуперстного благословения, левая опущена и скрыта под гиматием. В ХVI в. на Руси получили широкое распространение небольшие моленные иконы Божьей Матери «усечённых» композиций типа «Одигитрия» и «Умиление», бытовавшие и раньше. Они могли фрагментарно воспроизводить древние почитаемые ростовые и поясные образы Божьей Матери. В произведениях мелкой пластики образки, напоминающие Казанскую икону, существовали на северо-востоке Руси уже в ХII в. Образы Божьей Матери типа «Одигитрия» и «Умиление» «сокращённого» варианта помещались, например, в средниках новгородских икон XVI в. со святыми на полях (Русский музей – «Пречистому образу Твоему поклоняемся...»). Предполагать, что Явленная Казанская икона была первоначально ростовой и обгорела при пожаре, у исследователей нет оснований. Икона была найдена спустя две недели после пожара завёрнутой в ветхий (т.е. необгоревший) рукав однорядки, выглядела как только что написанная (очевидно, в земле она пролежала недолго). По свидетельству летописца, икона была привезена в Казань из Великого Новгорода после покорения его в 1570 г. царём Иваном IV Васильевичем девицей – исповедницей православия. В Казани та девица перед иконой «тайно молилася и преставися, а тот образ скрыла в землю». Митрополит Гермоген в «Повести…» называет обретённую икону образом «Владычицы нашия Богородицы и Приснодевы Мария, честнаго Ея Одигитрия» и отмечает необычность её «перевода».