В период обороны в Курской битве 5–23 июля 1943 г. большинство священнослужителей епархии наравне со всем населением рыли окопы, участвовали в строительстве железной дороги и оборонительных заграждений. В годы войны были возобновлены крестные ходы из Курска в Коренную пустынь – в девятую пятницу после Пасхи и обратно – 25 сентября. Летом 1944 г. состоялось первое после 20-летнего перерыва паломничество из Курска в Коренную пустынь, которую в то время занимала школа механизации сельского хозяйства. Этот крестный ход был относительно малочисленным – до 2 тыс. человек, однако уже в 1948 г. число паломников достигло 14 тыс. человек. Осенний крестный ход на протяжении 15 лет собирал 2–3 тыс. человек. Из-за запрещения массовых религиозных шествий духовенство в крестных ходах не участвовало. В 1945 г. в епархии насчитывалось 318 приходов, которые располагали 249 храмами и 69 молитвенными домами. Количество передаваемых верующим молитвенных зданий значительно сократилось в 1944 г., после принятия постановления СНК СССР от 28 ноября 1943 г. «О порядке открытия церквей». За 1944 г. в Курской области было открыто четыре церкви. В 1944–1946 гг. начались богослужения в 32 церквах, хотя в этот период было подано 339 заявлений об открытии. Из 211 не действовавших на 1 июля 1945 г. церквей в 74 находились склады, в 22 – различные учреждения, 92 церкви были в разрушенном или полуразрушенном состоянии. Несмотря на политику властей по ограничению числа храмов, в 1950 г. Курская область занимала первое место по количеству действующих молитвенных зданий среди краёв и областей РСФСР, находившихся под оккупацией: здесь официально было открыто 315 церквей и молитвенных домов. На 1 июля 1945 г. в Курской области служили 319 священников, 23 дьякона, 116 псаломщиков. Из 319 священников высшее духовное образование имели 2 человека, высшее светское – четыре человека, духовные семинарии окончили 113 человек, пастырские курсы и духовные училища – 60 человек, полное или неоконченное среднее светское образование получили 27 священников, 101 человек учился лишь в начальных классах, 12 клириков не имели образования. Во время войны подоходный и военный налоги, которыми облагались священнослужители, достигали очень больших размеров. Такая же ситуация сохранилась и после 1945 г. Священники облагались налогом на уровне частных предпринимателей, размер налогов за 1943–1944 гг. доходил до 75% годового дохода клирика. Правовое и хозяйственное положение монастырей и монашествующих после войны регламентировалось постановлением Совета министров от 29 мая 1946 г. «О православных монастырях». В Курске на тот момент действовал один монастырь – Свято-Троицкий женский. В 1945 г. в нём несли служение 25 монахинь и 130 рясофорных послушниц, из них жили на территории обители девять монахинь и сорок послушниц. Монастырь пребывал в бедственном состоянии, основная часть зданий принадлежала советским организациям: обкому ВКП(б), областному архиву. Обители передали часть Новодворско-Богородичного храма. Уполномоченный Совета по делам РПЦ при Совете министров СССР по Курской области В. Ефремов безрезультатно обращался к властям с просьбой освободить помещения монастыря, обитель вновь была закрыта в 1949 г., Свято-Троицкий храм – в следующем году.