В феврале 1928 г. Назарий (Кириллов) вышел на покой, уехал в Одессу, где вскоре скончался. В условиях гонений на церковь происходила частая смена архиереев на Курской кафедре. Во второй половине 1920 гг. территория епархии изменилась в связи с передачей в 1925 г. Путивльского уезда (кроме Крупецкой волости) и части Суджанского уезда из Курской губернии Украинской ССР. Антицерковные репрессии приобрели массовый характер в 1929 г. Только в декабре этого года в Центральночернозёмной области по обвинению в проведении «антисоветской агитации» и участии в «террористической деятельности» были арестованы 1672 человека, в том числе 176 священнослужителей. В 1930 г. в окрестностях Белгорода по делу «плетеневской контрреволюционной монархической организации церковников» были арестованы 122 человека. Главным обвиняемым стал благочинный четвёртого Корочанского округа протоиерей Александр Плетенев. Протоиерей Александр, священник Аркадий Субботин и два мирянина были расстреляны 8 мая 1930 г. в Белгороде. Осенью 1931 г. в Обоянском районе по делу «контрреволюционной церковно-монархической организации» власти арестовали 58 человек, руководителем организации был признан протоиерей Пётр Григорьевич Григорьев. В связи с волной антиколхозных выступлений в бывшем Курском и Орловском округах Центральночернозёмной области прошла волна массовых арестов в 1932 г. Были арестованы Курский архиепископ Дамиан (Воскресенский), Рыльский епископ Иоанн (Пашин) и епископ Николай (Могилёвский), который жил на покое в Орле. Архиереи, 127 священнослужителей, 106 монашествующих и 67 мирян проходили по делу «контрреволюционной церковно-монархической организации “Ревнители церкви”», большинство были признаны виновными. В 1933–1934 г. курские чекисты ликвидировали «группу освобождения церкви», якобы занимавшуюся антисоветской агитацией на территории Конышёвского, Михайловского и Дмитриевского районов. Главой группы был признан иеромонах Исидор (Шендриков) из Дмитриева, его соратниками – священник Александр Булгаков из Курска и игумен Серафим (Дементьев), всего проходило больше сотни клириков и мирян. В декабре 1937 г. в рамках группового дела «О фашистской организации И.А. Городетского и других» были расстреляны проживавшие в Курской области Курский епископ Артемон (Евстратов), Орловский епископ Иннокентий (Никифоров) и живший на покое в Белгороде заштатный епископ Иоасаф (Жевахов), а также управляющий делами Московской патриархии протоиерей Александр Лебедев. 23 июля 1935 г. по групповому делу были арестованы занимавший Курскую кафедру епископ Онуфрий (Гагалюк) и пять священников. В начале 1937 г. курские чекисты отправили в НКВД докладную записку о проделанной работе, где был представлен сравнительный анализ. До 1917 г. Курская епархия насчитывала около 1700 храмов, 18 монастырей, около 1 тыс. священнослужителей и 4 тыс. монашествующих. На 1 января 1937 г. в Курской области было действующих храмов: 385 православных и 82 обновленческих, монастыри были закрыты все, священнослужителей осталось около 1 тыс. человек и около 700 монашествующих. В отчётах 1937–1939 гг. многие храмы указаны как «не используемые церковниками, но официально не закрытые» или как «бездействующие за неимением попов или по технической причине».