В ходе реформы в 1851 г. закрылись приходские училища в Белгороде, Курске, Обояни, Рыльске и в Старом Осколе. После перенесения центра епархии в Курск духовная семинария при белгородском Николаевском монастыре официально именовалась как Курская в Белгороде епархиальная семинария. В Курск семинария окончательно переехала в 1882/1883 учебном году. В Белгороде было два духовных училища: Николаевское (открыто в 1843 г. при упразднённом Николаевском монастыре) и духовное уездное училище при бывшей Белгородской духовной семинарии (создано в 1817 г.), при котором епископ Питирим (Окнов) в 1906 г. открыл отделение Курской духовной семинарии. Такое же отделение было открыто и при Рыльском духовном училище. Духовные училища существовали в Обояни, в Старом Осколе, при белгородском женском монастыре. Епархиальные женские училища действовали в Курске и в Белгороде. На 1917 г. в Курской губернии насчитывалось 911 церковноприходских школ и школ грамоты, в которых обучалось 48 тыс. человек. Курская духовная семинария была закрыта в 1918 г. 16 мая 1919 г. патриарх Московский и всея России Тихон (Беллавин), Синод и Высший Церковный Совет заслушали сообщение Курского и Обоянского епископа Феофана (Гаврилова) о состоявшемся 2 декабря 1918 г. открытии в Курске при крестовой церкви Знаменского монастыря пастырско-богословского училища в составе двух классов (Российский государственный исторический архив). К концу 1919 г. училище возглавил священник Иван Чеканов. В 1920 г. под его руководством при училище было создано Курское епархиальное миссионерское братство. В 1922 г. Иван Чеканов и большинство преподавателей и студентов школы уклонились в обновленчество. Сразу же после Октябрьской революции 1917 г. стали массовыми случаи нападения на священнослужителей (отразились на страницах «Курского епархиального вестника» за 1918 г.). В середине декабря 1917 г. грабители напали на Белогорскую Николаевскую пустынь, в монастырском храме был убит иеромонах Серапион и ранен инок Ермоген. В декабре 1917 г. был арестован и вскоре расстрелян служивший в селе Богоявленском Курского уезда протоиерей Наркисс Егурнов. Его судьбу разделил священник Фёдор Арбузов из села Никольникова Рыльского уезда, расстрелянный 20 октября 1918 г. В январе 1919 г. в Белгороде был расстрелян викарий Курской епархии Белгородский епископ Никодим (Кононов). В 1918 г. в Курский епархиальный совет поступали прошения от духовных лиц разрешить им в общественных местах носить светскую одежду. Совет такое разрешение дал. Однако многие клирики выражали готовность терпеть нападки. В 1919 г., ко времени установления контроля над Курской губернией Добровольческой Армией генерала Антона Ивановича Деникина, было расстреляно 22 священнослужителя Курско-Обоянской епархии. В ходе гражданской войны от рук большевиков погибли протоиереи Пётр Сионский, Порфирий Амфитеатров, Василий Солодовников, Алексий Попов, Константин Ничкевич, иереи Константин Ефремов, Иоанн Тимофеев, Дмитрий Софронов, иеромонахи Серафим (Кретов), Вонифатий и др. Некоторые из них были взяты красноармейцами в качестве заложников в Белгороде и расстреляны в Курске при отступлении Красной Армии в 1919 г.