К 1940 г. в Курске были закрыты все православные храмы. В области осталось всего три действующих молитвенных здания. Последним довоенным Курским епископом был Артемон (Евстратов). По указу Московского и Коломенского митрополита Сергия (Страгородского) от 21 февраля 1936 г. в ведение епископа Артемона (Евстратова) были переданы также Белгородская епархия (преобразована в 1933–1934 гг.) и Рыльское викариатство, при этом Старооскольская и Орловская епархии, находившиеся в тогдашних пределах Курской области, оставлены самостоятельными. С мая 1936 г., после ареста епископа Артемона (Евстратова), Курская кафедра вдовствовала, т.к. архиереи, назначавшиеся митрополитом Сергием (Страгородским), не получали регистрации. 25 мая 1937 г. в Курск был назначен бывший Николаевский епископ Феодосий (Кирика), 1 июля 1937 г. на его ходатайство о регистрации Курская областная культовая комиссия ответила отказом. 31 октября 1937 г., спустя месяц после назначения на кафедру, был арестован следующий Курский епископ Ефрем (Ефремов), которому 5 октября 1937 г. власти также отказали в регистрации (Государственный архив Курской области). Немецкие войска вторглись в Курский край в октябре 1941 г., 2 ноября заняли областной центр. В Курской области с 1941 г. стало действовать, по разным данным, от 35 до 37 церквей и молитвенных домов, с 1942 г. – 148 молитвенных зданий. 21 марта 1942 г. возобновилась монашеская жизнь в курском Свято-Троицком женском монастыре. К октябрю 1943 г. были открыты уже 282 молитвенных здания. В Курске было образовано епархиальное управление, которое возглавил временно исполняющий обязанности заведующего протоиерей Иван Каплинский. Для управления Курской епархией в Почаевской лавре 22 июня 1942 г. митрополит Алексий (Громадский) и епископ Вениамин (Новицкий) совершили хиротонию Панкратия (Гладкова) во епископа Белгородского и Грайворонского. Юрисдикция епископа Панкратия (Гладкова) распространялась на территорию бывшей Курской губернии. В кафедральный город, находившийся в прифронтовой зоне, оккупационные власти епископа не допустили. После освобождения Курска от немцев 8 февраля 1943 г. на Курскую кафедру 14 июля был назначен епископ Питирим (Свиридов; с февраля 1945 г. – архиепископ). Под его руководством проводилась широкая патриотическая работа: служили молебны о даровании победы русскому оружию, собирались средства в помощь Красной Армии и на нужды обороны, был создан епархиальный комитет помощи раненым. Питирим (Свиридов) взял на себя шефство над эвакогоспиталем №1693 в Курске. 17 ноября 1943 г. из госпиталя было получено благодарственное письмо: «По Вашей инициативе… наш госпиталь… обильно обеспечивается индивидуальными подарками для раненых, а также успешно проводит подготовку к холодному времени года... За Ваши заботы о нашем госпитале, в последние два месяца создавшие нашим раненым тепло, уют и условия, способствующие их быстрейшему выздоровлению и возвращению в строй, командование госпиталя приносит Вам благодарность» (Архив Курского епархиального управления). К 1 января 1945 г. епархия собрала для Красной Армии свыше 4,6 млн. руб.