Одной из форм борьбы с религией стала кампания по призыву священнослужителей в Красную Армию. 4 июля 1919 г. епархиальный совет ходатайствовал перед светской властью об освобождении от мобилизации 47-летнего Курского епископа Феофана (Гаврилова). Покои архиерея в епархиальном доме неоднократно подвергались обыску, вскоре епархиальный дом был реквизирован городскими властями. В конце октября 1919 г. при оставлении Курска Добровольческой Армией иноки Знаменского монастыря перенесли главную святыню Курского края – Курскую-Коренную икону Божьей Матери в Белгород, затем она была перевезена в Новороссийск, в 1920 г. Курский епископ Феофан привёз святыню в Фессалонику. С конца 1927 г. икона находилась в русской Свято-Троицкой церкви в Белграде (Сербия). 17 декабря 1919 г. временно управляющим Курской епархией был назначен Якутский и Вилюйский епископ Евфимий (Лапин). В соответствии с декретом «Об отделения церкви от государства и школы от церкви», принятым 20 января 1918 г., у церковных учреждений была реквизирована недвижимая собственность; земельный фонд Курской епархии составлял на то время около 50 тыс. десятин. Советские власти с самого начала широко использовали формы экономического давления на духовенство и верующих, облагая их налогами и штрафами. Щигровский военно-революционный совет оштрафовал настоятеля Богословской церкви в селе Шестопалове священника Дмитрия Романова на 5 тыс. руб. за прочтение «контрреволюционного послания Святейшего Патриарха Тихона и декрета об отделении церкви от государства». Такую же сумму должны были выплатить монахини Льговского монастыря. В период голода в Поволжье (1921–1922 гг.) власти пресекли все церковные инициативы по сбору средств для голодающих. Под предлогом помощи пострадавшим государство провело кампанию по изъятию церковных ценностей. В Курской губернии в связи с изъятием ценностей в 1922 г. было расстреляно 68 духовных лиц. В том же году начался инициированный властями обновленческий раскол (см. Обновленчество). В этот сложный период обновленцам противостояли Курский митрополит Назарий (Кириллов) и его викарий Рыльский епископ Павлин (Крошечкин), арестованный в 1925 г. 20 июля 1921 г. Курский архиепископ Назарий (с 23 августа 1921 г. – митрополит) направил на утверждение в Москву проект разделения Курской епархии между правящим архиереем и двумя полусамостоятельными викариями – Белгородским и Рыльским, который разработал епископ Павлин (Крошечкин) на основании предписаний священноначалия (Государственный архив Курской области). Второй викарий, Белгородский епископ Никон (Пурлевский), в 1922 г. поддержал раскол, участвовал в обновленческом соборе 1923 г., но выступил против его решений, в частности, против лишения Тихона (Беллавина) патриаршества. Епископ Никон в 1924 г. принёс покаяние и вернулся на Белгородскую кафедру, вскоре был арестован. Летом 1926 г. в помощники митрополиту Назарию (Кириллову) был назначен епископ Иоасаф (Жевахов), для которого было образовано Дмитровское викариатство. Епископ жил в Курске, осенью 1926 г. был арестован. С мая по сентябрь 1926 г. в Курске находился высланный из Киева Афанасий (Молчановский), епископ Сквирский, викарий Киевской епархии. Митрополиту Назарию (Кириллову) пришлось вести борьбу также с григорианским расколом, поразившим в особенности белгородскую часть епархии.