Во время Отечественной войны 1812 г. Белгородский и Курский архиепископ Феоктист (Мочульский) организовал сбор средств в помощь армии. Из Курской Коренной в честь Рождества Пресвятой Богородицы пустыни в войска был послан список Курской-Коренной иконы Божьей Матери «Знамение». Некоторые клирики Белгородско-Курской епархии решили защищать родину с оружием в руках, на что они получили благословение архимандрита курского в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыря Аполлоса (Терешкевича), который отслужил в Курске напутственный молебен. В 1815 г. в память о победе в Отечественной войне 1812 г. в Курске был заложен каменный Знаменский собор, его освящение состоялось 13 января 1826 г. 10 сентября 1817 г. в Белгороде была создана духовная семинария. В 1818 г. в Курске открылось отделение Библейского общества. В 1833 г. епархиальные учреждения переехали в Курск, архиерейская резиденция и консистория разместились в Знаменском монастыре, кафедральным стал курский собор во имя преподобного Сергия Радонежского и в честь Казанской иконы Божьей Матери (Сергиево-Казанский). Семинария была окончательно переведена из Белгорода в Курск в 1882/1883 учебном году. Трудными для епархии стали 1846–1849 гг., когда губернию охватила эпидемия холеры. В эти годы совершались многочисленные крестные ходы с чудотворной Курской-Коренной иконой Божьей Матери. В 1864 г. во всех учебных заведениях края было введено преподавание Закона Божия священнослужителями епархии. В 1871 г. начался выпуск «Курских епархиальных ведомостей». Расширялась благотворительная и просветительская деятельность церкви. Были открыты курский духовный приют, женские училища в курском во имя Святой Троицы монастыре и в Богородице-Рождественском монастыре в Белгороде, Александровские приюты (для мальчиков – в курском Знаменском монастыре, для девочек – при епархиальном училище). В 1892 г. начала работу церковноприходская школа для беднейших жителей Курска, которую учредило братство во имя преподобного Феодосия Печерского при Курской духовной семинарии. В те же годы первых учеников приняла женская воскресная школа. Открылись постоянные курсы для учителей церковноприходских школ. В 1899 г. было создано Курское отделение Православного Палестинского общества, в 1900 г. учреждён Курский комитет православного Миссионерского общества. В организованной в 1903 г. Курской губернской учёной архивной комиссии принимали участие преподаватели Курской духовной семинарии, на заседаниях комиссии поднимались в том числе вопросы церковной истории. В 1912–1913 гг. были учреждены Курское церковное археологическое общество, общество трезвости, организованы регентские курсы. В 1915 г. открылась Серафимовская школа-церковь, Курское попечительство о беженцах, которое оказывало помощь эвакуированным из западных районов Российской империи. Во время Русско-японской и Первой мировой войн в епархии собирались пожертвования на содержание госпиталей, на подарки воинам. В архиерейском доме в Курске был устроен госпиталь на 35 коек. В начале ХХ в. были обретены мощи святых, связанных с курско-белгородскими землями, – преподобного Серафима Саровского (1903 г.) и святителя Иоасафа (Горленко; 1911 г.). На торжествах присутствовали члены императорской семьи.