В нарушение сеймовой конституции 1618 г. «О религии греческой» особой грамотой короля Сигизмунда III Вазы монахам Троицкого монастыря было позволено продолжать поиск в актовых книгах документов, подтверждавших их преимущественные права. Иосафат Кунцевич участвовал также в административных репрессивных мерах против православных – «запечатании» (закрытии) церквей, чтобы лишить православных возможности совершать богослужение (в Могилёве, Полоцке, Витебске); замещение вакантных православных архимандритств сторонниками унии в нарушение сеймовых конституций 1607 и 1609 гг.). Используемые Иосафатом Кунцевичем методы расширения влияния униатской церкви (особенно решительные после восстановления в Речи Посполитой православной иерархии в 1620 г.) вызывали неоднозначную реакцию в правящих кругах Речи Посполитой. После захвата ряда православных церквей силой (например, в Мстиславле, а позднее в Витебске) литовский канцлер Лев Сапега (1622 г.), сам будучи защитником унии, категорически осудил используемые Иосафатом Кунцевичем методы. Витебский воевода католик Ян Завиша обратился в 1621 г. к Иосафату Кунцевичу с письмом, в котором увещевал последнего не прибегать к насилию в отношении православного населения Витебска и других городов. Одной из причин осуждения насилия по отношению к православным была сохранявшаяся в 1621–1622 гг. угроза войны с Россией. Основное сопротивление в деле распространения унии оказывали мещанские круги. Осенью 1618 г. мещане Могилёва обратились к Иосафату Кунцевичу с просьбой отказаться от пастырской визитации города, поскольку там не было униатской паствы. Мещане закрыли перед Иосафатом Кунцевичем городские ворота. После этого Иосафат Кунцевич получил королевский мандат, по которому ему передавались все церкви и монастыри на территории города. Сопротивление жителей Могилёва было сломлено при помощи вооружённой силы по приказу Льва Сапеги. Зачинщики были казнены, на город наложен штраф. Почти одновременно с этим были запечатаны православные церкви в Орше. В 1620 г. Полоцким православным епископом был поставлен Мелетий (Смортицкий), который организовал сопротивление Иосафату Кунцевичу и местной униатской иерархии. За насильственные методы насаждения унии в адрес Иосафата Кунцевича неоднократно звучали угрозы со стороны православных, было даже предпринято несколько покушений на него: в Витебске в 1622 г. во время крестного хода на Пятидесятницу и на праздник Преображения Господня, а также в Мстиславле и Орше, где мещане собирались утопить его в Днепре. Иосафат Кунцевич был убит витебскими мещанами во время очередной пастырской визитации города. К тому времени ни в Витебске, ни в Полоцке не осталось ни одного православного храма. В Витебске накануне убийства Иосафата Кунцевича местный православный священник Илия совершал богослужение за городом в поле. События были спровоцированы слугами Иосафата Кунцевича, которые схватили священника Илию, вызвав тем самым протест витебских мещан. Толпа ворвалась в резиденцию Иосафата Кунцевича, избила его слуг, сам же Иосафат Кунцевич был ранен в голову топором и задавлен толпой во дворе, после чего его тело бросили в Западную Двину.