В это время на местах служили священники Иоанн Левяр и Димитрий Хыляк, к ним позже присоединились делегированные из столицы Антоний Татиевский и Михаил Попель, в июле 1946 г. вернулся священник Стефан Бегун. К началу 1947 г. среди клира также значились священники Георгий Кундеус, Александр Нестерович и Николай Костишин. По подсчётам К. Урбана, в пределах Лемковщины и Надсанья действовали восемь приходских и 19 приписных храмов. Клирики вместе с прихожанами стали жертвами операции «Висла», проведённой польскими властями в апреле–июле 1947 г., когда почти все жители украинских и лемковских поселений на юго-востоке Польши были насильственно переселены в западные и северные воеводства Польши (священники Кундеус, Костишин и Нестерович за активное сопротивление переселению были отправлены в концлагерь Явожно). В ходе операции «Висла» с Лемковщины были выселены 30 тыс. лемков, остававшихся там после принудительных «репатриаций» на Украину. Последним клириком, покинувшим Лемковщину в июле 1947 г., стал настоятель церкви в селе Флёрынка священник Стефан Бегун. После операции «Висла» в регионе перестали функционировать все православные храмы. Официально Краковская, Лемковская и Львовская епархия прекратила своё существование 15 июля 1946 г., когда Синод православной церкви на «возвращённых землях» (учреждён 5 июня того же года) принял соответствующее решение. 31 декабря 1946 г. Синод епископов Польской церкви лишил сана находившихся в эмиграции архиепископов Илариона (Огиенко) и Палладия (Видыбиду-Руденко). Они не признали этого решения; считая себя архипастырями Холмщины и Лемковщины в изгнании, объединили вокруг себя огромные эмигрантские землячества клириков и мирян. Решение Синода, по мнению исследователей, имело и политическую подоплёку, т.к. польские власти выдвинули против Палладия (Видыбиду-Руденко) и Илариона (Огиенко) обвинения в коллаборационизме. Обвинения были предъявлены и другими эмигрировавшим на Запад клирикам Краковской, Лемковской и Львовской епархии: Авксентию Рудикову, Иоанну Сидоруку, Николаю Шероцкому, Иоанну Белозорскому. Власти Польши заочно обвинили их в провокациях против римско-католического духовенства, якобы подвергшегося из-за их доносов репрессиям со стороны оккупационных властей. Несмотря на это, митрополит Дионисий (Валединский) в письмах в 1948 г. убеждал архиепископа Палладия (Видыбиду-Руденко) вернуться в Варшаву, обещая ему восстановление на кафедре. В 1947–1956 гг. деятельность православной церкви на Лемковщине была официально запрещена властями Польской Народной Республики. На территории бывшей Краковской, Лемковской и Львовской епархии не было ни одного действующего православного прихода (за исключением Успенского храма в Кракове), до 1958 г., когда в составе Люблинского благочиния Варшавско-Бельской епархии Польской церкви был вновь открыт храм в селе Высова (ныне Малопольского воеводства, Польша). С 1983 г. Лемковщина входит в православную Перемышльскую и Новысончскую епархию Польской церкви.