В связи с увеличением числа лемковских приходов в апреле 1943 г. было открыто третье лемковское благочиние с центром в селе Свёнткова-Велька (ныне Подкарпатского воеводства), возглавленное протоиереем Николаем Кухаруком (после войны секретарь Харьковской епархии Украинского экзархата РПЦ). В августе 1941 г. к епархии присоединились 13 общин на территории современных Львовской, Ивано-Франковской и частично Тернопольской областей Украины, образовавших благочиние с центром при Георгиевском храме во Львове. Центром отдельного благочиннического округа был также Краков. К началу 1943 г. в Краковской, Лемковской и Львовской епархии насчитывалось 55 священников, семь диаконов и 65 псаломщиков, действовали 54 церкви и часовни, объединённые в 43 прихода. К началу 1944 г. в епархии было 46 приходов: во Львовско-Галицком округе – 13, в Краковском – 4, в первом Лемковском – 9, во втором Лемковском – 14, в третьем Лемковском – 6 приходов. К началу 1945 г. насчитывалось 24 самостоятельных храма и 23 приписных (без Галичины). Уменьшение числа самостоятельных приходов исследователи связывают с отъездом половины священнослужителей в Германию и Чехословакию. Епархиальным миссионером, координировавшим просветительскую деятельность среди лемков, был переехавший с Волыни протоиерей Александр Новицкий; активную роль в миссионерской деятельности играл протоиерей Сергий Киндзерявый-Пастухив, переехавший сюда в 1939–1941 гг. По инициативе архиепископа Палладия (Видыбида-Руденко) преподавание православного вероучения в общеобразовательных школах региона перешло на украинский язык. Имели место конфликты между проукраински ориентированными клириками и теми лемковскими священниками, которые считали себя русинами, о чём писал в январе 1944 г. архиепископу Палладию (Видыбида-Руденко) священник Стефан Голубовский. Противостояние завершилось к 1944 г. поражением «русинских» и «москвофильских» клириков. Один из современников вспоминал: «Когда после развала Польши в Краков прибыл украинский автокефальный православный епископ для Лемковщины Палладий, то исчезли куда-то из лемковских сёл православные батюшки-россияне, а на их место пришли сознательные украинские священники, которые усердно работали над подъёмом национального самосознания ополяченных лемков; да и вообще во время гитлеровской оккупации о москвофилах никто не говорил, потому что они словно сквозь землю провалились». Проблемой являлась подготовка духовенства. 22 мая 1943 г. власти Генерал-губернаторства дали согласие на перенесение резиденции архиепископа Палладия (Видыбида-Руденко) в Краковский дистрикт, в бывшие повяты Тарнувский, Ясельский или Кросненский. Краков был исключён из этого списка, на чём настаивали как римо-католики, так и греко-католики. 30 октября 1943 г. было получено разрешение на перевод резиденции архиепископа Палладия (Видыбида-Руденко) в Краков, но собрать средства на устройство резиденции не удалось.