В качестве компенсации немцы в декабре 1940 г. выделили православной общине Кракова бывшую синагогу «Агават Раим» Еврейского благотворительного общества в старой части Кракова. В 1941 г. архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) освятил в этом помещении храм Успения Божией Матери, там же разместилась консистория. Архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) оказывал значительное влияние на жизнь Варшавской митрополии. Так, в мае 1941 г. он обратился к митрополиту Дионисию (Валединскому) с призывом «украинизировать» отдельные положения устава православной церкви в Генерал-губернаторстве. 30 ноября 1941 г. архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) провёл в Варшаве совещание с комитетом УНР во главе с А.Н. Ливицким, на котором сделал заявление в поддержку кандидатуры Луцкого епископа Поликарпа (Сикорского) на должность администратора православной церкви на «освобождённых» землях Украины. В декабре 1941 г. архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) заявил о невозможности получения православной церковью на Украине автокефалии от Константинопольского патриарха и о необходимости провозглашения Дионисия (Валединского) митрополитом Киевским и всея Украины (Центральный государственный архив общественных объединений Украины). 30 декабря 1941 г. униатский митрополит Андрей Шептицкий обратился с воззванием к украинским православным епископам, в котором призвал к объединению в интересах украинского народа. Первоиерарх Автономной УПЦ митрополит Алексий (Громадский) отреагировал сдержанно и назвал такое объединение преждевременным. Архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко), напротив, положительно оценил обращение Андрея Шептицкого. В ответном открытом письме Андрею Шептицкому, 1 марта 1942 г. опубликованном украинской прессой, архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) писал, что украинский народ 300 лет ждал такого призыва к единству. Как лицо, уполномоченное митрополитом Дионисием (Валединским), заявил, что православные будут делать всё возможное для устранения препятствий к церковному единству и для возвращения к состоянию церкви до 1596 г. На момент образования епархии на Лемковщине существовало 24 православных прихода. Среди них самостоятельные – в местечках и сёлах Баница, Бартне, Цицаханя, Чарна, Дешница, Флёрынка, Граб, Хырова, Избы, Камицанна, Крулёва-Руска, Крыница, Липовец, Милик, Мшана, Пёрунка, Поляны, Радоцына, Сквиртне, Снетница, Свёнткова-Велька, Тылява, Усьце-Руске и Воловец. К приписным («филиальным») приходам относились общины в поселениях: Жидовске, Черемха, Вишня, Смеречне, Ропенка, Тшцяна, Бодаки, Пшегонина, Длуге, Вышоватка, Ростайне (Розстайне), Свежова-Руска, Свёнткова-Мала, Незнаёва, Кшива, Бинчарова, Богуша, Белична, Регетув-Нижны, Юречкова, Ставиша и Квятонь. В феврале 1941 г. епархия была разделена на два благочиния: Восточнолемковское с центром в селе Чарна (ныне Подкарпатского воеводства, Польша) во главе со священником Георгием Павлишиным (имевшим проблемы с оккупационной властью за свои москвофильские взгляды) и Западнолемковское с центром в селе Флёрынка (ныне Малопольского воеводства, Польша), где функции благочинного исполнял священник Пётр Тарановский.