Архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) продолжал жить в Варшаве, где у него обострился конфликт с митрополитом Дионисием (Валединским). На синоде епископов Генерал-губернаторства 3–6 августа 1943 г. епископ Иларион и архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) отвергли предложение митрополита Дионисия (Валединского), заранее согласованное с немцами, о хиротонии в викарного епископа Варшавской митрополии архимандрита Феофана (Протасевича) для окормления русских и белорусских общин. В свою очередь, митрополит Дионисий (Валединский) 9 августа 1943 г. пожаловался на украинских епископов оккупационным властям. В феврале 1944 г. митрополит Дионисий (Валединский) благословил открытие во Львове домового храма для общины «дочерней» по отношению к Варшавской митрополии Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ; в юрисдикции митрополита Поликарпа Сикорского); общину возглавлял эвакуированный из Харькова «священник» Александр Попов (позже один из руководителей УАПЦ соборноправной, отколовшейся от Поликарпа). В марте 1944 г. Александр Попов вместе с другими эвакуированными с востока Украины «священниками» УАПЦ совершал богослужения в Преображенском храме Львова, принадлежавшем униатам. Исследователям неясно, был ли согласен архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) на создание в его епархии приходов УАПЦ, или же это было единоличное решение Дионисия (Валединского). С приближением фронта в июле 1944 г. архиепископ Палладий (Видыбида-Руденко) был эвакуирован в Германию. Распоряжением от 9 сентября 1944 г. он назначил «администратором православных приходов Лемковщины» вместо протоиерея Мартина Волкова, также уехавшего из Польши, протоиерея Петра Тарановского, о чём известил клир и верующих «Посланием к духовенству святой православной Церкви на Лемковщине» от 21 сентября 1944 г. С этого времени фактически прервались всякие контакты приходов с церковными центрами в Польше, где до апреля 1945 г. оставался единственный православный иерарх – викарный епископ Тимофей (Шреттер). Краковская консистория в 1944–1946 гг. продолжала работу: её деятельность ограничивалась бракоразводными и другими бытовыми вопросами. После освобождения от немцев Галичины Львовско-Галицкий благочиннический округ утратил связь с консисторией в Кракове и стал подчиняться Киевской митрополии до замещения 22 апреля 1945 г. Львовской кафедры. В 1944 г. во главе Львовского благочиния стоял протоиерей Григорий Боечко, в составе благочиния было десять приходов: три – во Львовской области, один – в Тернопольской, два – в Дрогобычской, четыре – в Станиславской (Центральный государственный архив общественных объединений Украины). Предыдущий благочинный протоиерей Григорий Курилас, в 1943 г. бежавший в Палестину, получил гарантии безопасности от советских властей и в 1945 г. вернулся на Украину, вскоре был репрессирован.