На основании договора от 9 сентября 1944 г. между польским Комитетом народного освобождения и Украинской ССР в 1944–1946 гг. шла массовая депортация украиноязычного населения из Польши на Украину. Первоначально переселение предполагалось сделать добровольным, но, поскольку желающих практически не оказалось, была применена сила. В 1945–1946 гг. с Лемковщины было выселено свыше 100 тыс. лемков, в основном, греко-католиков, православных – около 15 тыс. человек, среди которых были и священнослужители. Основными местами размещения переселенцев из Польши стали центральная и восточная области Украины, некоторые репатрианты позже переехали на Волынь и в Галицию в надежде вернуться на отцовские земли. Отдельные общины переселялись почти целиком в определённые населённые пункты Украинской ССР во главе с настоятелями. Они активно влияли на местную церковную жизнь. На Лемковщине и на Надсанье осталось около 10 тыс. православных, которые были практически лишены духовного окормления. Военные действия, перемещение населения, отсутствие иерархической власти привели к полному упадку и дезорганизации епархиальной жизни на Лемковщине. Возвращение митрополита Дионисия (Валединского) в конце апреля 1945 г. в Варшаву дало надежду на восстановление церковного порядка. В конце июня 1945 г. администратор протоиерей Пётр Тарановский через протоиерея Мартина Волкова, переехавшего в Варшаву и продолжавшего заведовать Краковской консисторией, прислал предстоятелю Польской церкви подробный отчёт о ситуации в приходах Краковской, Лемковской и Львовской епархии. Он указывал, что после окончания работ комиссий по репатриации на территории Лемковщины окажется очень мало верующих, а уезжающие на Украину общины забирают из храмов всю утварь. В эти годы имели место немногочисленные возвращения православных лемков в унию или в католичество (например, в сёлах Крулёва-Руска, Богуша) под влиянием представления о том, что принадлежность к католической церкви даёт возможность считаться поляком и избежать переселения на восток. В ноябре 1945 г. протоиерей Виталий Сагайдаковский информировал Варшавскую консисторию, что на территории Лемковщины существует пять самостоятельных приходов: в сёлах Крулёва-Руска (с «филиальной» общиной в селе Богуша), Флёрынка (с «филиальными» общинами в сёлах Бинчарова и Вавжинка), Бартне (с «филиальной» общиной в селе Пшегонина), Избы (с «филиальной» общиной в селе Белична), Усьце-Руске (ныне Усьце-Горлицке, с «филиальной» общиной в селе Квятонь). Предполагалось возобновить приходскую жизнь в сёлах Пёрунка, Тылява и Баница. В мае-июне 1946 г. в городе Санок находился присланный из Варшавы священник Владимир Вежанский. Он был уполномочен департаментом исповеданий Министерства общественной администрации Польши надзирать за церковным имуществом и «удовлетворением религиозных нужд» православных. Не получилось организовать духовную опеку над приходами в окрестностях города Новы-Сонч, поскольку присланный из Варшавы священник Всеволод Лопухович был задержан местными властями.