Отношения между православными были более напряжёнными. Спор о «Трёх Главах» и принятие папой Римским Вигилием (537–555 гг.) решений пчятого Вселенского собора привели к церковному расколу на Западе, который нанёс сильный урон авторитету Папского престола. Епископы Галлии отказались принять новые вероучительные определения. В послании Аврелиану, епископу Арелатскому (Арльскому; 550 г.), папа Вигилий доказывал, что он не еретик, объясняя своё согласие с осуждением «Трёх Глав» насилием со стороны византийцев. Однако примирение Папского престола и епископов Галлии было достигнуто лишь при папе Пелагии I (556–561 гг.). В 550 г. епископы Африки разорвали общение с Папским престолом. В Италии оформилась так называемая аквилейская схизма, в которой приняли участие многие церковные иерархи, жившие в королевстве лангобардов. Сторонники схизмы пользовались поддержкой королевым Теоделинды, супруги Агилульфа, и их сына Адалоальда. Вскоре после прибытия в Италию Колумбан познакомился с Агриппином, епископом Комо, убеждённым сторонником «Трёх Глав», который вручил ему полемическое сочинение против папы Римского. Однако святой не стал присоединяться к схизматикам. Обеспокоенный тяжёлым положением церкви, по просьбе Агилульфа и Теоделинды он направил папе Бонифацию IV (608–615 гг.) послание, в котором настаивал, чтобы понтифик принял меры для прекращения раскола и восстановления единства церкви. По свидетельству Ионы, некий Иокунд посоветовал Колумбану основать монастырь у заброшенной церкви св. Петра, стоявшей в гористой местности на берегу реки Бобий (Боббио), между Пьяченцей и Генуей. На этом месте якобы зимовал полководец Ганнибал, потерявший здесь много воинов, коней и слонов. Святой восстановил церковь и поселился при ней с учениками. Сохранилась дарственная грамота короля Агилульфа, датированная июлем 613 г., которая считается, в основном, подлинной (согласно грамоте, Колумбан и его преемники получили в собственность землю в радиусе 4 миль от церкви). После основания монастыря Бобий к Колумбану прибыл св. Евстасий, передавший учителю просьбу короля Хлотаря II вернуться в Галлию: король одержал верх над противниками, поэтому Колумбан мог спокойно жить в Луксовии. Однако святой решил остаться в Италии; он передал франкскому королю письменные наставления и попросил его оказывать покровительство насельникам Луксовия. Почтительно приняв письмо Колумбана, король подарил монахам земельные владения и установил ежегодную выплату из казны в пользу обители. По преданию, св. Галлу, который жил в Алеманнии, было открыто, что его учитель умирает, и Галл послал в Бобий диакона, чтобы выяснить, так ли это. Насельники монастыря поведали диакону, что незадолго до кончины Колумбан велел передать Галлу письмо и свой посох (baculum, cambutta) в знак прощения. Переночевав в монастыре, диакон поспешил обратно и за восемь дней достиг своей обители. Прочитав письмо, Галл заплакал, созвал монахов и немедленно совершил мессу (об этом сообщается в сохранившемся фрагменте древнейшего Жития Галла, составленного во второй половине VIII в.). После кончины Колумбана, при св. Евстасии (612–629 гг.) и св. Вальдеберте (629–670 гг.), аббатах Луксовия, и св. Аттале (615 – 626/627 гг.) и св. Бертульфе, аббатах Бобия, между обоими монастырями поддерживались тесные отношения.