Во время посещения королевской виллы Брокариак Колумбан навлёк гнев Брунхильды отказом благословить детей короля и предсказанием, что никому из них не суждено править. Брунхильда запретила монахам покидать Луксовий, но Колумбан обратился к Теодориху II, который отменил это распоряжение. В другой раз святой пригрозил отлучить короля от церкви, если он будет упорствовать во грехе. После этого Брунхильда стала настраивать короля и епископов против Колумбана, указывая на то, что в его монастырях соблюдались чужеземные порядки. Желая проверить, как живут монахи в Луксовии, Теодорих II явился в монастырь и потребовал допустить его во внутренние помещения. Колумбан отказался сделать это, потому что мирянам было запрещено входить туда, где жили монахи. Когда король попытался войти в рефекторий, святой предсказал, что его род погибнет, если он нарушит монастырские правила. Испугавшись, Теодорих II покинул Луксовий, но приставил к Колумбану некоего Баудульфа, который отвёз святого в город Везонцион. Там Колумбан чудесным образом освободил из темницы приговорённых к смерти и помог им найти убежище в церкви. Затем вернулся в Луксовий, т.к. никто не отважился задержать его. В 610 г. король Теодорих II и Брунхильда направили в Луксовий комита Бертария с приказом арестовать Колумбана и выслать его из королевства вместе с ирландскими и бриттскими монахами. По свидетельству Ионы, святой согласился покинуть монастырь, чтобы не подвергать монахов опасности. Согласно более позднему преданию, верные Колумбану франкские монахи во главе со святыми Евстасием (ум. в 629 г.) и Агилом также покинули Луксовий и основали монастырь Вельтенбург в Баварии. Стражники отвезли Колумбана в Невирн (ныне Невер), сели в лодку и отправились вниз по течению Луары. Иона сообщает, что воины дурно обращались с Колумбаном и даже пытались убить его. Достигнув города Аврелиан (ныне Орлеан), святой послал двух монахов на поиски пищи, но никто из горожан из страха перед королём не отважился помочь им. Лишь женщина из Сирии, которую монахи встретили на улице, узнав, что они тоже странники из дальних краёв, дала им продукты. В благодарность за это Колумбан вернул зрение её слепому мужу. В городе Туроны (ныне Тур) Колумбан потребовал, чтобы ему разрешили поклониться гробнице св. Мартина; стражники ответили отказом, но лодка чудесным образом повернула к берегу. После ночи, проведённой в молитве у гробницы святого, Колумбан получил приглашение разделить трапезу с епископом Леупехарием (ум. в 613/614 г.). Когда один из гостей назвал себя верным слугой короля Теодориха II, святой предсказал, что король и вся его семья погибнут через три года. По прибытии в Намнеты (ныне Нант) произошла задержка: местные власти не сразу нашли торговое судно, на котором Колумбана можно было отправить в Ирландию. Воспользовавшись этим, святой отправил прощальное послание монахам Луксовия. Когда Колумбан и его спутники взошли на корабль, поднялся сильный ветер, не позволивший судну покинуть гавань. Как только монахи вернулись на берег, ветер переменился, и корабль вышел в море без них. Обнаружив, что никто не собирается задерживать его, Колумбан покинул город и направился в Нейстрию, к королю Хлотарю II (584–629 гг.; с 613 г. – король франков).