Кандид, назначенный в 595 г. управляющим папскими владениями в Галлии, передал Колумбану устный ответ папы Григория I Великого; его суть сводилась к тому, что папа отказался рассматривать вопрос о запрещении пасхалии Виктория Аквитанского, издавна принятой Римской церковью Григорий I Великий намеренно уклонился от официального ответа: открытое заявление папы о неправоте Колумбана поставило бы святого в трудное положение. Исследователи полагают, что папа Григорий I Великий рассматривал ирландскую пасхалию как «допустимое отклонение» от практики Вселенской церкви: отвечая на вопросы св. Августина Кентерберийского, понтифик признавал существование локальных литургических традиций и рекомендовал миссионерам проявлять к ним терпимость, если это не нарушало чистоту веры. Согласно Григорию I Великому, разнообразие обычаев и традиций не противоречило единству христианской веры. Колумбан придерживался противоположного мнения («multum namque nocuit nocetque ecclesiasticae paci morum diuersitas et uarietas traditionum»). Несмотря на уклончивый ответ Григория I Великого, Колумбан стремился продолжить дискуссию: в послании папе (около 600 г.) он защищал ирландскую пасхалию как неотъемлемую часть Предания церкви, жаловался на симонию галльских епископов и несоблюдение духовенством обета целомудрия. Колумбан также послал папе трактат против пасхалии Виктория, а епископу Аригию (скорее всего, как полагают исследователи, Аридию (Аредию), епископу Лугдунскому (Лионскому)) – краткий памфлет (libellus) на ту же тему. Исследователи полагают, что с обвинениями Колумбана было связано послание Григория I Великого епископам Бургундии с указанием созвать Собор для искоренения симонии и других канонических нарушений (июль 599 г.). В 603 или 604 г. Колумбана вызвали на синод галльских епископов, собравшийся под руководством епископа Аридия Лугдунского в Кабиллоне (ныне Шалон-сюр-Сон). Синод был созван по указанию королевы Брунхильды (ум. в 613 г.), которая поручила прелатам расследовать обвинение св. Дезидерия, епископа Вьеннского, в развратном поведении. Колумбан отказался явиться на синод и отправил епископам послание, в котором защищал свою позицию и требовал оставить его монахов в покое. Ни в Житии Колумбана, ни в «Хронике Псевдо-Фредегария» об этом не упоминается (согласно «Хронике», единственным результатом синода было низложение св. Дезидерия). По мнению исследователей, Колумбан успешно отстаивал независимость своих монастырей от галльских епископов благодаря покровительству короля Бургундии Теодориха II (596–613 гг.) и его бабки королевы Брунхильды, хотя Иона почти ничего об этом не сообщает. Согласно Житию, юный король неоднократно посещал Луксовий и просил Колумбана молиться за него (исследователи полагают, что монахи получали от короля не только пожертвования, но и привилегии). Однако образ жизни Теодориха II был далёк от идеалов христианской нравственности: вместо того чтобы вступить в брак, король держал наложниц и имел незаконных детей. По свидетельству Ионы, в ответ на обличения Колумбана Теодорих II неоднократно обещал исправиться, но этому препятствовала Брунхильда: старая королева, движимая властолюбием, поощряла поведение внука, т.к. опасалась утратить власть, если он вступит в законный брак.