За советом и наставлением к Колумбану обращались даже некоторые галльские епископы. Чинопоследование мессы в монастыре отличалось от принятого в Галлии наличием большого количества дополнительных молитв (использование особых молитв и литаний, нередко имевших покаянный характер, было характерно для ирландского богослужения и в более позднее время; см. ст. Кельтский обряд). В трактате о происхождении разных типов оффиция (VIII в.?) утверждается, что ирландская традиция монастырского богослужения благодаря Колумбану стала известна во всём мире. Жители Галлии обращали внимание на непривычные им благочестивые практики в монастырях Колумбана, например, на частое совершение крестного знамения, благословение предметов и т.д. О том, что Колумбан поощрял формы аскетического подвига, характерные для ирландской традиции, свидетельствует намерение монаха Аутиерна отправиться в Ирландию, чтобы стать «паломником» ради Христа. Исследователи полагают, что Колумбан поддерживал связи с церковными общинами Ирландии и использовал их, чтобы сохранить независимость от галльских епископов. Исследователям известно об ирландском епископе Дагане, посетившем Южную Британию, вероятно, на обратном пути из Луксовия в Ирландию. Алтарь монастырской церкви в Луксовии освятил епископ Аэд, скорее всего, по мнению исследователей, прибывший из Ирландии. Непризнание Колумбаном юрисдикции галльских епископов и его нежелание отказываться от ирландских обычаев привели к конфликту между ним и местными церковными иерархами. Сведения об этих разногласиях содержатся, главным образом, в сочинениях Колумбана, т.к. Иона избегал касаться этой темы в Житии святого. Из посланий Колумбана исследователи сделали вывод, что основным предметом споров была защита святым ирландской пасхалии, которая не согласовывалась с принятой в Галлии пасхалией Виктория Аквитанского. Его пасхалия, введённая по решению Аврелианского (Орлеанского) Собора 541 г., позволяла делать выбор между двумя датами Пасхи, «латинской» и «греческой» (это приводило к разногласиям среди галльских епископов). Другоие обвинение в адрес Колумбана было связано с особой формой тонзуры, принятой в его монастырях. По мнению исследователей, конфликт Колумбана с галльскими епископами усугублялся непримиримой позицией, которую занял святой: он отказывался следовать «галльским правилам» («regulas Gallorum»), полагая, что они противоречили Преданию церкви и учению св. отцов. Епископ Даган отказался не только разделить трапезу с епископами, соблюдавшими пасхалию Виктория Аквитанского, но и принимать пищу в одном здании с ними. Об остроте конфликта свидетельствует то, что Колумбан был вынужден апеллировать к Папскому престолу. В послании папы Григория I Великого (Двоеслова), написанном в ноябре 594 г., упоминается, что понтифик отправил «господину пресвитеру Колумбу» рукопись сочинения «Пастырское правило». В октябре 600 г. Григорий I Великий рекомендовал «нашего сына пресвитера Колумба» Конону, аббату Леринского монастыря. Скорее всего, как полагают исследователи, в обоих посланиях речь шла о Колумбане, который не позднее 594 г. впервые обратился к папе Римскому с просьбой подтвердить его правоту в споре с галльскими епископами.