Некоторые отступления от прототипа, в основном, выразившиеся в цветовом решении, исследователи объясняют не прямым копированием святыни, а использованием бумажных прорисей. В 1577 – 1589/1599 гг. и повторно в 1610 г. братия Коневского монастыря была вынуждена «со всем своим церковным строением и образами» перебраться в Деревяницкий монастырь, поскольку правительство боярина Василия Шуйского уступило Швеции всю Корельскую землю. Коневской иконе Божьей Матери на долгие десятилетия суждено было стать святыней этой обители. Часть монахов нашли приют в Тихвинском монастыре, что объясняет появление там в XVII в. списка Коневской иконы Божьей Матери. Только в ходе Северной войны территория Приладожья была возвращена России, и монастырь на острове Коневец начал возобновляться. В первой деревянной церкви Николая Чудотворца, освящённой в 1719 г., слева от царских врат стоял список «иконы Пресвятыя Богородицы Святогорския». Сама чтимая Коневская икона Божьей Матери оставалась в Новгороде до конца XVIII в. Возрождение почитания Коневской иконы Божьей Матери исследователи связывают с деятельностью строителя монастыря иеромонаха Варфоломея (1798–1801 гг.). В 1799 г. он получил разрешение Гавриила, митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского, на возведение собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы и на перенос туда иконы. 3 июля святыня была торжественно доставлена в Санкт-Петербург (согласно изданиям, для устройства оклада, местонахождение которого исследователям неизвестно), где пребывала в течение двух месяцев, её носили по домам верующих. Прославление иконы и создание её списков (как «в меру и подобие», так и храмовых образов) связаны с совершением во время молебнов и шествий исцелений и чудотворениями. 3 сентября 1799 г. Коневская икона Божьей Матери достигла обители и была поставлена в церкви Николая Чудотворца. На следующий день торжественно праздновали возвращение святыни, отсутствовавшей на Коневце 189 лет. С этого времени ежегодно 3 сентября отмечали в монастыре всенощным бдением. После окончания строительства нового собора в честь Рождества Богородицы Коневская икона Божьей Матери была поставлена в нижней, Сретенской церкви с левой стороны от царских врат, возле клироса, т.е. на то же место, что она занимала в церкви Рождества Пресвятой Богородицы Коневского монастыря. Для неё стараниями игумена Дамаскина (Кононова), строителя Валаамского монастыря, был сооружён деревянный резной позолоченный киот. Паломничество к чудотворной иконе и случаи исцелений ускорили общецерковное установление в её честь ежегодного праздника 10 июля. В начале XIX в. строитель монастыря иеромонах Иларион (Кириллов) написал службу Коневской иконе Божьей Матери, а в 1819 г. по его прошению (Российский государственный исторический архив) и указу Святейшего Синода после общерусской канонизации Арсения Коневского (12 июня) обе даты празднования были внесены в церковный календарь. В 1889 г. Коневская икона Божьей Матери была поновлена (записана) возглавлявшим иконописную мастерскую Валаамского монастыря иеромонахом Алипием (Константинов Алексей, 1851–1901 гг.), который отмечал плохую сохранность древней живописи. Были добавлены перекрещивающийся орнамент на нимбе Божьей Матери, псевдославянский текст по краю и складкам мафория, в руке Богомладенца появилась вторая птица, цвет верхних одежд Пресвятой Богородицы (первоначально синий) стал тёмным, полностью переписан золотой фон.