Однако Папский престол поддерживал консульство Каффы, как и другие итальянские колонии на Востоке. Десятина, собиравшаяся не только в Каффе или в Лигурии, но и в государствах Италии и Центральной Европы, направлялась на строительство укреплений города. Его защитники вместе с семьями получали индульгенции, а стипендиаты коммуны, отправлявшиеся на службу в Каффу, – денежные субсидии, доходившие до полугодового жалованья. Каффа до конца своего существования воспринималась в Европе как форпост христианского мира, границы диоцеза простирались до реки Волги, а после исхода европейцев с территорий погибшей империи Ильханов епископ Каффы осуществлял духовное руководство католиками (главным образом, купцами) в Иране и Западной Анатолии. Желание Генуи добиться для архиерея Каффы сана архиепископа осталось неосуществлённым, но Папский престол следил за обстановкой в консульстве, при необходимости отправляя туда новых церковных служителей. Епископы были стипендиатами Генуэзской республики. Исследователям известен случай, когда был уволен военнослужащий, а его жалованье поделено между двумя прибывшими в город капелланами-доминиканцами. Католические прелаты занимали более высокое положение, чем восточные, выступали арбитрами в спорах, случавшихся в греческих и армянских общинах. Другая функция католического духовенства была связана с организацией управления в Каффе. Католический епископ имел право обращаться напрямую в метрополию, через него в Геную поступала информация о настроениях и чаяниях жителей Каффы. Межконфессиональные отношения в городе всегда были непростыми, к тому же они дополнялись этнической рознью. Осознавая себя неполноправными гражданами, греки и армяне болезненно реагировали на возможные послабления, которые мог сделать генуэзский консул, верша правосудие, в отношении уроженцев Италии. Установленный в Каффе порядок предполагал, что семейные, наследственные и духовные дела оставались прерогативой местного духовенства, а общины должны были сами решать, кто будет их пастырем. Этот принцип не всегда соблюдался; акты курии Каффы полны казусов, связанных с решением запутанных наследственных тяжб. Влияние администрации на выборы епископов Каффы становится явным после заключения унии на Ферраро-Флорентийском соборе и особенно после падения Константинополя. Хотя кандидатуры на кафедру Каффы подбирал кардинал Виссарион Никейский по совету с клиром, именно представители светской администрации ходатайствовали перед Папским престолом о назначении. Так же происходило и в других общинах: армянин не мог стать епископом без благословения католикоса, но кандидату надлежало получить одобрение консула Каффы. Активное вмешательство генуэзской администрации в духовные дела восточных общин ускорило падение Каффы. После завоевания турками (1475 г.) город стал важным опорным пунктом Османской империи на побережье Крыма. Жившие в Каффе католики, в основном, были выселены в Перу (Галату), по указанию султана Мехмеда II им были выделены две церкви – Девы Марии Константинопольской (впоследствии мечеть Одалар-джами) и св. Николая (впоследствии мечеть Кефели-джами (мечеть жителей Каффы)). В католической церкви святых Петра и Павла в Стамбуле хранится икона Божьей Матери «Одигитрия», по преданию перенесённая из Каффы. Католические храмы были заброшены, переоборудованы в мечети или отданы религиозным общинам других конфессий. В первой половине XVII в. делалась попытка возродить монастырь доминиканцев. По мнению исследователей, в городе оставалось около 20 армянских церквей, но после выселения большей части армян в пределы Российской империи (1778 г.) они оказались, в основном, заброшены; к 1820 гг. действующими оставались только четыре: св. Сергия, св. архангелов Михаила и Гавриила, великомученика Георгия и св. Феодора. До 1678 г. в Каффе находилась резиденция греческого епископа, впоследствии епископство вошло в состав Готской епархии.