Основанное в 1333 г. архиепископство Воспоро, в числе суффраганов которого назывались Каффа и Херсон, вскоре перестало существовать. В XIV в. в Северном Причерноморье были созданы другие католические кафедры, в том числе в Солдайе и Чембало. К концу XIV в. в Каффе насчитывалось не меньше 22 католических церквей, наиболее значимые из них – кафедральный собор св. Агнессы и храмы двух францисканских монастырей. В 1430 г. Каффа стала центром Восточной провинции (provincia Orientalis) Ордена францисканцев и резиденцией генерального викария Ордена. Каффа была крупным центром миссионерской деятельности, католицизм распространялся усилиями монахов нищенствующих Орденов, сооружавших храмы во многих поселениях консульства. Сохранился важный памятник тюркского языка и письменности того времени – принадлежавший некогда Франческо Петрарке «Codex Cumanicus», содержащий трёхъязычный, латинско-персидско-куманский словарь-разговорник, переводы молитв и другие тексты. После захвата Каффы турками (1475 г.) католическая епископская кафедра в Каффе де-факто перестала существовать, но сохранилась в качестве титулярной (вакантна с 1978 г.). В конце XIII в. в Каффе была значительная армянская община; в 1320 гг. в городе проживал армянский епископ Аракел. После того как польский король Казимир III Великий (1333–1370 гг.) даровал армянам право свободного исповедания веры (1367 г.) и различные привилегии, кафедра армянского епископа была перенесена из Каффы во Львов. Однако вскоре армянское население Каффы существенно увеличилось в связи с падением Киликийского королевства (1375 г.). Среди армян проповедовали доминиканцы. В XIV в. в городе появились армяне-католики (монастырь святителя Николая Мирликийского). В 1438 г. в Каффе состоялось совещание армянских священников и мирян под руководством епископа Малахии; было решено отправить делегацию на Ферраро-Флоретнийский собор (1438–1439 гг.). Решение было одобрено Киликийским католикосом Константином V. В 1440 г. армяне Каффы присоединились к заключённой в 1439 г. Флорентийской унии с Римом. В современной Феодосии сохранилось несколько армянских храмов, построенных в XIV–XV вв., в том числе церкви св. Сергия и св. архангелов Михаила и Гавриила внутри укреплений бурга Каффы. До XV в. греки, по мнению исследователей, составляли большинство среди местного населения Каффы. Сведения о греческой православной епархии в Каффе относятся лишь к концу XV в. После Ферраро-Флорентийского собора Пахомий, бывший епископ Амасии, признавший унию с Римом, в 1469 г. по просьбе кардинала Виссариона Никейского, титулярного латинского патриарха Константинопольского, был назначен греческим епископом Каффы, но скончался, так и не прибыв туда. В 1420 гг. германский путешественник Иоганн Шильтбергер сообщал о двух еврейских общинах в Каффе – караимов и талмудистов. Исследователи полагают, что после того, как хан Узбек провозгласил ислам государственной религией Золотой Орды, в Каффе была построена мечеть, о которой упоминал Ибн Баттута. Крестоносная идея освобождения Гроба Господня в XIV в. редуцировалась до мер, направленных на защиту западноевропейской торговли, и правители, отправлявшиеся бороться с пиратством и разорительными набегами турок, получали поддержку папы Римского как крестоносцы. Масштабные военные действия против османов, например, те, которые завершились разгромом под Никополем в 1396 г. или под Варной в 1444 г., были редкими.