Опись Клопского Михайловского монастыря 1617 г. фиксирует книжное собрание из 83 единиц, в том числе рукописное и четыре печатных Евангелия; из архивных дел – две грамоты царя Ивана IV Васильевича Грозного, несудимую и жалованную («Опись Новгорода». 1984 г., часть 1). По ведомости 1743 г., в монастырской библиотеке числились 42 старопечатные и рукописные книги, которые частично заменили в служебной практике новыми. Среди рукописных книг названы три Евангелия, Апостол, две Минеи, Устав, три Псалтири, два Месяцеслова, Шестоднев, два Октоиха, три певческие крюковые книги, два Каноника. Ещё 16 рукописных и старопечатных книг хранились в приписном Сутоцком монастыре (Государственный архив Новгородской области). В середине XIX в. монастырская библиотека насчитывала 116 книг: 93 духовного содержания (в том числе 12 писаний св. отцов), 13 печатных небогослужебных и 10 исторических. Из архивных дел опись 1850–1860 гг. упоминает синодик, начатый в 1660 гг., книгу копий жалованных царских грамот и различных земельных актов, подлинную грамоту 1763 г. и архив текущих дел, который начинается с 1764 г. Сохранилась лишь часть монастырского архива, отдельные фонды выделены в Государственный архив Новгородской области и Российский государственный архив древних актов. Документы относятся к XVIII–XX вв. Это – указы Сената, Синода, Новгородской духовной консистории, различного рода прошения игуменов с братией, отчёты о состоянии монастыря, приходо-расходные книги, описи имущества и др. Особый интерес для исследователей представляют синодик и список Жития преподобного Михаила Клопского Тучковской редакции (Государственный архив Новгородской области), а также «Записная книга жалованных грамот» (Российский государственный архив древних актов). Троицкий собор занимает центральное положение в монастырском комплексе. Он построен на месте первого каменного собора 1419 г. Исследователи отмечают, что даты возведения собора, указанные в Новгородской второй летописи и Новгородской третьей летописи, не совпадают. Составители монастырских описей, как и бо́льшая часть исследователей, ориентировались на Новгородскую третью летопись, в которой под 1569 г. сообщается, что старый храм был разобран и заложен новый повелением царя Ивана IV Васильевича Грозного, пожаловавшего на строительство 50 руб. «из своей казны» (Государственный архив Новгородской области; Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея). При этом игуменом обители назван Корнилий, который упоминается в документах 1583, 1595 и 1599 гг. В Новгородской второй летописи сообщается о закладке нового собора в 1569 г. и говорится об игумене Ефреме (Шумляе), переведённом в 1560 г. в Клопский Михайловский монастырь из Николо-Островского монастыря. Он же упомянут в грамоте царя Ивана IV Васильевича Грозного 1564/1565 г. Участие царя в сооружении Троицкого храма, по мнению исследователей, совпало с его приездом в Новгород. При закладке собора каменную гробницу с мощами преподобного Михаила поместили «под спудом» в диаконнике, где в память преподобного освятили придел.