Обители также принадлежали земли с деревнями в Поозерье. Клопский Михайловский монастырь владел частью дворов в Курецком (Курицком) погосте, а деревня Усть-Любоежа находилась в общем владении с Колмовым монастырём близ Новгорода. Дворы в Васильевском погосте были разделены между великим князем, помещиком Козляниновым и Клопским Михайловским монастырём, а деревня Устье – между князем, монастырём и своеземцами. Полностью Клопскому Михайловскому монастырю принадлежали девять деревень (Донцо, Терпилово, Хотяж, Наволок, Новоселицы, Ортемьево, Коровье, Заднее, Сменково). Кроме того, в Курецком погосте монастырь владел двумя рыбными вежами; одна находилась в найме у крестьян, с другой вся выловленная рыба шла на монастырский обиход («Новгородские писцовые книги». 1886 г., том 4; 1905 г., том 5). К 1498 г. Клопский Михайловский монастырь владел в Поозерье и Заверяжье 36,5 обжи земли. В Локоцком погосте Деревской пятины в конце XV в. Клопский Михайловский монастырь имел три деревни (Высокое, Демьяново, Новина) и четыре обжи земли, а в Григорьевском Кречневском погосте Водской пятины в 1500 г. монастырю принадлежали три деревни: Вотково, Голодово, Потылицыно – с шестью дворами. Ещё тремя дворами Клопский Михайловский монастырь владел в дворцовых деревнях Тютицы и Овинец. Всего в Водской пятине за обителью числилось 11,5 обжи. Исследователи полагают, что этими вотчинами в трёх пятинах Клопский Михайловский монастырь владел и до присоединения Новгорода к Москве в 1478 г., т.к. при упоминании «старого письма», т.е. прежней переписи, другие владельцы не называются. При этом исследователи ошибочно полагали, что Троицкий на Веряже и Троицкий Клопский монастыри – разные обители. Исследователям известен лишь один случай конфискации, произведённой после 1478 г., – в Ретенском погосте восемь обжей (три сохи с третью) были «отписаны на великого князя» («Новгородские писцовые книги». 1905 г., том 5). В период новгородской самостоятельности кроме земельных вотчин одной из статей дохода Клопского Михайловского монастыря было так называемое кормление братии покровителями обители, в том числе Новгородским архиепископом Евфимием I, Московским князем Константином Дмитриевичем, опальным князем Дмитрием Георгиевичем Шемякой. Тем не менее, Клопский Михайловский монастырь испытывал некоторые экономические трудности. Недостаток земли рядом с монастырём вызвал, по мнению исследователей, конфликт с посадником Григорием Посахно, который запретил братии выпас скота и ловлю рыбы в Веряже и «болоте» («Новгородские писцовые книги». 1905 г., том 5). В XVI в. обитель, в основном, сохраняла прежние владения. В 1547 г. царь Иван IV Васильевич Грозный пожаловал Клопскому Михайловскому монастырю деревню Заболотье Курецкого погоста вместо трёх деревень Локоцкого погоста Деревской пятины (Российский государственный архив древних актов; «Новгородские писцовые книги». 1905 г., том 5). В жалованной грамоте царя Ивана IV Васильевича 1560 г. (упоминается в описи 1617 г. и книге копий грамот) перечислены вотчины в Шелонской и Водской пятинах, и названо общее количество принадлежавшей обители земли – 89 обжей.