До реорганизации в нём проживали настоятель, два иеромонаха, иеродиакон, три монаха и девять человек на испытании. Обители принадлежало три небольших участка земли и капитал в сумме 45 559 руб. – вклады частных лиц (Российский государственный исторический архив). Первая игуменья Анфия была переведена из Десятинного в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря, как и сменившая её игуменья Маргарита, дочь новгородского мещанина. К 1916 г. в Клопском Михайловском монастыре проживало 35 человек, в том числе настоятельница, две монахини, пять рясофорных монахинь (Государственный архив Новгородской области), к 1919 г. – сорок сестёр. Клопский Михайловский монастырь был закрыт в марте 1920 г. Комиссия по ликвидации монастырей передала все монастырские постройки, кроме храмов, в ведение Отдела труда и социального обеспечения. В распоряжение этого отдела также поступили 37 признанных трудоспособными насельниц. Вскоре последовало постановление открыть в монастыре дом инвалидов труда. Но уже в августе того же года дом инвалидов был переведён в Юрьев монастырь. Десяти сёстрам разрешили проживать на территории Клопского Михайловского монастыря «для обслуживания храмов», оставленных на содержании прихожан Клопской Слободы и близлежащих деревень. В Троицком соборе богослужения совершались до 1932 г., в том числе священником Алексеем Алексеевичем Полетаевым, который в 1937 г. был расстрелян (Государственный архив Новгородской области). После расторжения договора с коллективом верующих в 1932 г., поводом для которого послужили неуплата высокого страхового налога и акт технического состояния, Троицкий собор, как и другие постройки, решили разобрать. К этому времени местными жителями уже была разобрана часть протяжённого корпуса, примыкающего к Никольской церкви. В подвале храма колхоз «Красный сеятель» хранил зерно. Снос Троицкого собора и Никольской церкви не допустили музейные сотрудники и учёные: храмы поставили на охрану и передали в ведение музея. В 1934 г. заведующий Отделом монументальных памятников Новгородского музея М.А. Берновский сообщил в Новгородский райисполком, что Троицкий собор является памятником архитектуры высшей категории, а Никольская церковь отнесена к памятникам «первой категории». Постройки Клопского Михайловского монастыря пострадали в годы Великой Отечественной войны. Реставрационные работы в середине 1960 гг. под руководством Леонида Егоровича Красноречьева и в 1980 гг. под руководством Нинель Николаевны Кузьминой приостановили процесс разрушения Троицкого собора. Но Никольская церковь с трапезной палатой, колокольня, братские кельи обветшали и превратились в руины. С 2001 г. по благословению архиепископа Новгородского и Старорусского Льва (Церпицкого) началось возрождение обители. Трудами прихожан и паломников была расчищена территория, построены дома наместника, гостиница, баня, теплицы. В 2005 г. Клопский Михайловский монастырь передали Новгородской епархии. В конце 2005 г. на пожертвования паломников и прихожан в Клопском Михайловском монастыре возвели деревянную зимнюю церковь во имя преподобного Михаила Клопского. В ноябре 2007 г. решением Священного Синода Клопский Михайловский монастырь был возрождён, наместником назначен иеромонах Иаков (Ефимов). При передаче было предусмотрено государственное финансирование реставрационных работ в Никольской церкви с трапезной палатой и в братском корпусе.