В 1661–1662 гг. Августин Мейерберг, проезжавший через новгородские земли в составе австрийского посольства, зарисовал Клопский Михайловский монастырь со стороны озера Ильмень. Исследователи отмечают, что на рисунке схематично, но весьма правдоподобно изображены два храма и деревянные постройки в юго-западной части обители. Две из них – с соломенными покрытиями, одна – с тёсовой кровлей. Многоугольная с шатровым завершением бревенчатая постройка – конная мельница, каких в XVII в. при монастырях было довольно много. Клопский Михайловский монастырь был обнесён тыновой (или забранной в столбы) оградой. Небольшие жилые и хозяйственные строения на рисунке составляют разительный контраст с монументальной архитектурой каменных церквей. Изображение обители, находящееся на южной стене существующего Троицкого собора, зафиксировало облик монастырского комплекса в начале XVIII в. В отличие от рисунка Августина Мейерберга Клопский Михайловский монастырь показан с северной стороны – от безымянного ручья и подмонастырской слободы. Храмы XVI в. к тому времени ещё не утратили первозданной красоты и гармонии. Строительство монументальной ограды с башнями придало ансамблю необходимую законченность. Ограда (деревянная, рубленная в «тарасы», либо каменная, крытая на два ската тесом) чётко обозначила внешнюю границу монастырского комплекса. Подобная ограда могла появиться и в конце XVII в., и в начале XVIII в. Очень эффектно, по мнению исследователей, выглядят восточные св. ворота, увенчанные крутой четырёхскатной кровлей, напоминающей шатёр. До 1764 г. Клопский Михайловский монастырь сохранял за собой почти все земельные владения в Шелонской и Водской пятинах (Государственный архив Новгородской области). По данным 1742–1745 гг., за Клопским Михайловским монастырём в Шелонской пятине оставались три деревни в Ретенском погосте, две деревни в Жедрицком, восемь деревень в Васильевском погосте. Обители принадлежали также две деревни в Водской пятине. При Клопском Михайловском монастыре существовала подмонастырская слобода, населённая служителями и бобылями, которые выполняли различные работы в монастыре (Государственный архив Новгородской области). Всего в 1740 г. Клопский Михайловский монастырь владел 1004 четвертями пашенной земли, за монастырём числилось 592 крестьянина (лиц мужского пола). Клопский Михайловский монастырь сохранил право на рыбную ловлю в озере Ильмень и реке Веряже. К обители был приписан Сутоцкий Николаевский монастырь. В Людине конце Новгорода на Редятине улице находилось монастырское подворье, впервые упомянутое в Писцовых книгах Александра Чоглокова 1623 г. (Государственный архив Новгородской области). До 1764 г. Клопский Михайловский монастырь существовал за счёт денежного и натурального оброков, получаемых с крестьянских дворов, а также за счёт ведения собственного хозяйства. При монастыре существовали конюший и коровий дворы, фруктовый сад, огород, сенные покосы, небольшой участок пахотной земли. В качестве натурального оброка крестьяне поставляли не только продукты питания, но и строительные материалы. Клопский Михайловский монастырь содержал собственных мастеров: плотников, столяров, резчиков (Российский государственный архив древних актов).