В 1801–1803 гг., при игуменах Товии и Паисии (первый из иеромонахов, второй – из экономов Александро-Невской лавры), началось сооружение каменной ограды с башнями (Российский государственный архив древних актов). К южной линии ограды были пристроены квасоварня и кузница, к западной – угловые каменные кельи. В 1804–1805 гг. на месте восточных св. ворот возвели трёхъярусную колокольню. При настоятеле (1806–1817 гг.) игумене Герасиме (Гойдукове) строительные работы приобрели больший размах благодаря вкладам московских купцов, в том числе братьев игумена (Государственный архив Новгородской области). Около 1805–1807 гг. к колокольне с юга пристроили братский корпус, а за оградой, к северу от монастыря, – каменные гостиные кельи. В тот же период были реконструированы Троицкий собор, Никольская церковь с трапезной палатой (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея). Игумен Герасим активно занимался переустройством интерьеров храмов: были поновлены иконы и настенная живопись, на местные иконы изготовлены чеканные бронзовые с позолотой оклады, резной иконостас 1712 г. в Троицком храме покрыт червонным золотом на полимент, установлена новая бронзовая рака над погребением преподобного Михаила (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея). В первой половине XIX в. был выполнен значительный объём работ: обновлены практически все строения вокруг древних храмов, «осовременено» архитектурное ядро монастыря. В итоге сформировался новый художественный образ ансамбля в стиле классицизма. Планировочная схема получила геометрически правильную форму, преобразился и пространственный силуэт ансамбля. Братские кельи и хозяйственные постройки, расположенные по периметру многоугольника, составили единую линию застройки вместе с оградой и башнями, которые заполнили промежутки между зданиями. На этой линии застройки появилась новая архитектурная доминанта – колокольня. Троицкий собор утратил богатство и сложность объёмно-пространственной композиции после разборки колокольни и северных приделов, а также после перестройки южных приделов. Надкладка карнизов и устройство пятиглавия подчеркнули его определяющее значение в структуре ансамбля. Сооружение в XVIII в. двух уменьшающихся деревянных восьмериков над древним четвериком Никольской церкви изменило тип постройки, и разрушило существовавшее стилистическое единство архитектурного ядра ансамбля. Перестройки второй половины XIX – начала XX вв. не привели к существенным изменениям объёмно-пространственной композиции монастырского комплекса. Исследователям известно, что все постройки, кроме Троицкого собора, возобновлялись в 1843–1858 гг., при игумене Димитрии (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея). Некоторое упрощение и примитивизация архитектурных форм, допущенные в процессе ремонтных работ во второй половине XIX – начале XX вв. (уничтожение декора на главном фасаде братского корпуса, изменение завершения Никольской церкви, масштабная несоразмерность вновь возведённых башенок в ограде), привели к снижению художественного уровня монастырского ансамбля, сложившегося в первой половине XIX в. В 1913 г. Клопский Михайловский монастырь был преобразован в женский.