Указ о своём перемещении в один из монастырей Казанской епархии Кирилл воспринял как незаслуженную ссылку. 16 марта 1864 г. Синод постановил приказать Мелитопольскому епископу немедленно следовать к месту назначения. 20 апреля того же года Кирилл прибыл в Константинополь и через несколько дней проследовал далее на родину. Кирилл был погребён под алтарём церкви мучеников Киприана и Иустины в казанском в честь Преображения Господня монастыре. Служение Кирилла во главе Русской духовной миссии в Иерусалиме не изучено. Ему досталась ответственная роль главы русского церковного, а на первых порах и дипломатического представительства на Святой земле в то время, когда там на протяжении многих лет активно действовали западные миссии. Свою деятельность Русская духовная миссия в Иерусалиме осуществляла в условиях жёсткой конкуренции с представителями светских ведомств – Министерством иностранных дел и Морского министерства. Кириллу удалось установить дружественные равноправные отношения с греческими иерархами как на Святой земле, так и в Константинополе, что стало началом нового этапа греко-российских межцерковных отношений. Тот факт, что Иерусалимский Синод во главе с патриархом Кириллом отправил ряд ходатайств в пользу Кирилла, свидетельствует о принятии греческим высшим духовенством российского церковного представительства и его руководителя в сане епископа во главе миссии, не считая это нарушением канонических прав Константинопольского патриархата. Отзыв Кирилла из Иерусалима и понижение статуса Русской духовной миссии в Иерусалиме с назначением на место начальника РДМ архимандрита в то время, когда в Иерусалиме с 1841 г. пребывал англиканский епископ, а с 1847 г. и латинский патриарх, были неудачными решениями в российской политике на православном Востоке; их причины были не столько в особенности служения Кирилла, сколько в межведомственной конкуренции и предпринимательской активности российских представителей на Святой земле. Исследователям известна литография с парадным портретом Кирилла (художник Пётр Фёдорович Борель, мастерская Андрея Ивановича Траншеля, Санкт-Петербург, 1860 г., оттиски – в собраниях Церковно-археологического кабинета Московской духовной академии, Исторического музея). Он представлен в рост в архиерейском облачении (в мантии с источниками, чёрном клобуке, с панагией, крестом и орденами), правой рукой благословляет, в левой держит посох, верх которого перевязан расшитым сулоком, в ладони – светлые чётки. Оттиски литографии могли служить дарами в ответ на портреты, полученные Кириллом от друзей и других корреспондентов; в письме из Иерусалима от 18 марта 1863 г. Кирилл благодарил митрополита Макария (Булгакова) за его портрет; оттиск литографии 1860 г. (Исторический музей) поступил в 1905 г. из собрания коллекционера Петра Ивановича Щукина. В повседневном облачении (в клобуке и рясе) с узнаваемыми длинными волосами, рассыпанными по плечам, Кирилл запечатлён на фотографии среди членов Русской духовной миссии в Иерусалиме, консульства и строителей в Иерусалиме (1858 г., музей истории религии).