Консул представлял политическую, дипломатическую, гражданскую и полицейскую власть, решал вопросы приобретения земель и домов, хозяйственного заведования постройками, приютами, госпиталями на основании инструкций, которые он будет получать из комитета. Но конструктивного сотрудничества между начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме и консулом так не получилось; в начале 1860 г. В.И. Доргобужинов был отозван из Иерусалима. Не сразу сложились и отношения Кирилла с Иерусалимским патриархом. Кирилл сообщал в Санкт-Петербург о тяготившей его зависимости от патриарха и жаловался, что для каждой службы в Архангельском монастыре требуется особое письменное дозволение. Министерство иностранных дел и Синод делали всё возможное, чтобы скорректировать позицию начальства РДМ по отношению к Иерусалимской патриархии и Святогробскому братству. И под влиянием наставлений из Москвы и Санкт-Петербурга Кириллу удалось наладить корректные и даже дружественные отношения с Иерусалимским патриархом и епископами. В конце 1861 г. Кирилл писал: «Месяц назад прибыл сюда Блаженнейший (патриарх Кирилл). Теперь мы с ним меняемся любезностями. Надобно сознаться, что большего внимания, расположения и доверия нельзя было и желать». Патриаршего наместника, митрополита Мелетия, Кирилл в том же письме называл добрейшим и почтеннейшим старцем, которого он любит «как отца родного». О характере деятельности Русской духовной миссии в Иерусалиме в течение двух первых лет её пребывания в Иерусалиме Кирилл информировал митрополита Филарета (Дроздова) 17 апреля 1860 г.: «Что касается до православных, поддерживаем, сколько можем, надежды их на Православную Россию и ограждаем, по мере сил, безопасность их. Десяток школ, разбросанных по местам, угрожаемым более других натиском протестантства или латинства, приносит уже добрые плоды, подавая отрадные надежды в будущем. Поддержка духовенства и церквей, помощь бедным христианам, благовременная поддержка благоприятствующих православию турецких чиновников, преследуемых латинской пропагандой, деятельное участие в обезопасении участи православных в Ливане от беспокойных друзов, – привлекает к нам сердца единоверцев наших». Эта большая работа во многом была возможна благодаря поддержке Благотворительного комитета императрицы Марии Александровны, регулярно высылавшего епископу значительные суммы. Секретарь императрицы Пётр Алексеевич Мориц уже в мае 1858 г. сообщал Кириллу, что денежные приношения не оскудевают, и исправно посылал в Иерусалим церковные одеяния и другие приношения. К лету 1858 г. общая сумма, переданная в распоряжение начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме, составила около 30 703 руб. В апреле 1860 г. на заседании Палестинского комитета была представлена записка, в которой предлагалось изменить статус начальника РДМ в Иерусалиме, и было решено, что назначение на должность начальника миссии епископа, а не архимандрита было ошибкой (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Члены комитета, как утверждалось в записке, приписывали данные недоразумения не одной неопытности епископа или его излишней впечатлительности, но преимущественно неправильному положению русского архиерея в Иерусалимском патриархате. Для того чтобы впоследствии пресечь недоразумения между духовной и гражданской властью в Иерусалиме, члены Палестинского комитета, ссылаясь на мнение великого князя Константина Николаевича, предлагали назначить начальником миссии архимандрита вместо епископа.