В докладе императору Александру II А.М. Горчаков отметил, что «роль смиренных наблюдателей уже невозможна для нашей Миссии, нам необходима представительность на Востоке, разумеется, не политическая, а церковная, в которой нам не могут отказать ни турки, ни франки, имеющие своих патриархов и епископов в Святом Граде». Министр считал необходимым во главе миссии поставить епископа вместо архимандрита. По мнению А.М. Горчакова, это «произвело бы сильное, благодетельное впечатление не только в Иерусалиме, но и в Царьграде». 23 марта 1857 г. доклад был утверждён императором Александром II. Турецкое правительство дало согласие на возобновление русского церковного присутствия в Иерусалиме. В письме везира генерал-губернатору Иерусалима отмечалось, что «не представляется препятствия пребывать епископу, какой будет назначен, и другим монахам, только под условием, чтоб они занимались единственно духовными делами и нуждами подданных и поклонников упомянутой великой державы (России), не вмешиваясь в религиозные и духовные дела разных народов, в подданстве Высокой Порты состоящих (т.е. в том числе в дела Иерусалимского Патриархата)». Но в российском Министерстве иностранных дел, а затем и в Синоде последний пункт был изменён. В отношении исполнявшего должность товарища министра иностранных дел к обер-прокурору от 16 августа 1857 г. процитированный пассаж был пересказан следующим образом: «Порта признаёт официальное существование нынешней Духовной Миссии нашей в Иерусалиме, которая прежде сего проживала там негласно и была только терпима. Чрез это признаётся право нашей Духовной Миссии на самостоятельную деятельность и даётся ей возможность сноситься с Патриархом Иерусалимским на основании совершенного равенства, вне всякой зависимости от Святогробского духовенства». В результате Синод не счёл нужным уведомить Иерусалимского патриарха Кирилла II о том, что в Иерусалимский патриархат направляется русский епископ. Кириллу потребовались значительные усилия для выстраивания отношений с предстоятелем Иерусалимской церкви. В инструкции Министерства иностранных дел были определены задачи начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме: поддерживать дружеские отношения с греческим духовенством, а также с иноверными духовными властями; основное внимание обращать на арабское духовенство; подавать пример церковной ревности и благолепия; осуществлять наблюдение за так называемыми поклонниками великой державы и устроить для них богадельню в Крестовом монастыре (если патриарх уступит его миссии) по примеру латинских заведений; распространять свои действия на соседние Антиохийский и Александрийский патриархаты; стараться не допускать присоединения яковитов, халдеев и коптов к Римско-католической церкви. Непосредственное участие в работе Русской духовной миссии в Иерусалиме принимала императрица Мария Александровна: оказывала материальную помощь Кириллу и выделила собственные средства на нужды миссии. В её окружении возникла идея создания Благотворительного комитета под покровительством императрицы для поддержки деятельности РДМ в Палестине, проект которого по просьбе императрицы был составлен митрополитом Филаретом (Дроздовым). Перед отправлением на Восток Кирилл посетил Филарета.