Тем не менее, Кирилл ещё три года продолжал руководить миссией. На протяжении этих лет ускоренными темпами возводились здания Русской духовной миссии в Иерусалиме. В виду скорого окончания строительства в начале 1863 г. встал вопрос о том, какой статус будут иметь эти богоугодные заведения в Палестине, и кому поручить управление ими. Великий князь Константин Николаевич назвал комплекс этих построек Иерусалимской Троицкой лаврой и поставил перед Синодом вопрос об учреждении для неё должности настоятеля в сане архимандрита. В рескрипте на имя обер-прокурора великий князь порекомендовал устранить те затруднения, которые происходят собственно от высокого иерархического сана начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме, и пожелал, чтобы Кирилл получил другое назначение. Митрополит Филарет (Дроздов), заметив, что по церковным канонам Синод не может благословить основание лавры в Иерусалиме, предложил назвать выстроенные богоугодные заведения Русской или Свято-Троицкой странноприимной обителью, а её управление поручить начальнику Русской духовной миссии в Иерусалиме в сане епископа или архимандрита. С политической точки зрения МИД «не считал необходимым, чтобы во главе Иерусалимской Миссии нашей был непременно епископ». Но «ввиду того, что в настоящее время возбуждено много важных вопросов, в которых преосвященный Кирилл принимал деятельное участие» полагал «неудобным» поспешное отстранение его от дел. Речь шла не только о первом совместном российско-французском проекте ремонта купола храма Гроба Господня, инициированном Кириллом, но и о вопросах присоединения коптских и абиссинских епархий к РПЦ, о контактах с предстоятелями Александрийской и Антиохийской церквей, о деле Синайского монастыря и проч. Однако присутствие Кирилла в Иерусалиме не устраивало его противников. 19 мая 1863 г. консул Андрей Николаевич Карцов направил в Азиатский департамент Министерства иностранных дел донос «о безнравственном поведении» начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме, который заканчивался предложением отозвать Кирилла из Иерусалима. Император Александр II, на записке А.Н. Карцова поставил резолюцию: «Крайне грустно, если все это правда. Но и слухов сих было бы достаточно, чтобы не оставить его на месте». Ознакомившись с донесением консула и резолюцией императора, 19–21 июня 1863 г. Синод постановил: «1) Епископа Кирилла от занимаемой им должности начальника духовной миссии нашей в Иерусалиме уволить; 2) за неимением в настоящее время вакантной епархиальной кафедры назначить преосвященного Кирилла, до времени, в распоряжение архиепископа Казанского Афанасия, предоставив ему, пр. Кириллу, иметь помещение в находящемся в заведовании викария Казанской епархии Казанском Спасо-Преображенском второклассном монастыре с управлением оным... 3) за тем избрать в звание начальника иерусалимской духовной миссии лицо в сане архимандрита». Кирилл не согласился с решением Синода: «Надо мною совершён какой-то странный суд, не подходящий ни под какие законы – ни Божеские, ни человеческие, ни гражданские, ни церковные, – писал он в донесении обер-прокурору Синода Алексею Петровичу Ахматову 22 августа 1863 г. – На всяком суде подсудимый знает, в чём его обвиняют и за что судят. Для меня в этом отношении сделано непостижимое исключение. Я прочёл уже свой приговор, а доселе не знаю, ни кто мои обвинители, ни в чём обвинения. В продолжение всего времени службы на Востоке я не имел ниоткуда ни малейшего замечания по службе, и вдруг подвержен осуждению. В самом Указе от 28 июня ни малейшим намеком не объяснено, в чём судили меня».