В обращении к обер-прокурору Кирилл просил следующее: «а) чтобы мне предоставлено было право оградить себя от незаконного осуждения без суда, которого по совести, убеждению и праву не могу признать законным решением и не могу принять с покорностью; б) чтобы мне сообщены были копии с переписки по делу обо мне, которые дали бы мне возможность знать, откуда и какие обвинения падают на меня, и оправдать себя в очах Святейшего Правительствующего Синода; в) чтобы это право самооправдания, немало, может быть, затруднённое неправильным ходом дела, мог я привести через посредство Восточных Патриархов и иерархов, бывших свидетелями моей шестилетней службы на их глазах и имеющих возможность устроить правильный суд на строгом основании церковных правил; г) чтобы ради сего предоставлено было мне право остаться здесь на Востоке под кровом священных Патриарших престолов, доколе я буду оправдан законным судом, и честь моя, как епископа русского, будет ограждена». Нежелание Мелитопольского епископа возвращаться в Россию Филарет (Дроздов) назвал печальным событием и рекомендовал Синоду напомнить Кириллу о церковном послушании в следующих словах: «Если Ваше перемещение Вам неприятно: это такой случай, который встречается во всяком роде службы и принимается с послушанием, а тем более в духовной службе. В перемещении Вашем нет оскорбительного. В качестве епископа уездного города Мелитополя, Вы равняетесь викариям, и назначены на место, которое занимал викарий, и притом, как Вы сами замечаете, в ожидании открытия епархиальной кафедры». Там же приводился аргумент о решении понизить ранг начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме: «Продолжение же Вашего пребывания в Иерусалиме неудобно и с той стороны, что положено не иметь там епископа». За Кирилла вступился Иерусалимский патриарх и члены Иерусалимского Синода. Секретарь российского посольства в Константинополе Евгений Петрович Новиков сообщал российскому посланнику в Константинополе графу Николаю Павловичу Игнатьеву 27 августа 1863 г.: «Патриарх выразил сожаление, что такая важная перемена в управлении Иерусалимскою нашею Миссиею последовала без предварительного дружеского с ним сношения..., и что ему неизвестны причины такого распоряжения, хотя он и подозревает, что побудительным к оному поводом послужили какие-нибудь личные жалобы на нашего епископа, но с чьей стороны, он не знает...». В другом донесении Е.П. Новиков писал, что члены Иерусалимского Синода, свидетельствуя о ревности и заслугах Кирилла, ходатайствуют об оставлении преосвященного во главе Русской духовной миссии в Иерусалиме, и что патриарх Кирилл говорил о своём намерении письменно обратиться к Синоду с прошением в пользу Кирилла. Члены Иерусалимского Синода составили две петиции (одну – на имя А.М. Горчакова, другая была адресована Синоду) об оставлении Кирилла в Иерусалиме и превозносили его достоинства. Однако Е.П. Новиков не отправил документы по назначению, объяснив патриарху, что ходатайство Иерусалимского Синода может быть воспринято как превышение власти, потому что просьба Иерусалимского Синода касается меры внутреннего управления РПЦ, не подлежащей ни в каком случае вмешательству иностранных иерархов. Помимо греческих иерархов с просьбой об оставлении епископа Мелитопольского на Святой земле обратились к князю А.М. Горчакову и светские власти Иерусалима, объясняя, что Кирилл в «совершенстве ознакомился с обстоятельствами и делами Святой земли».