7 ноября 1857 г. митрополит написал архимандриту Антонию (Медведеву), что Кирилл «обладает свободным движением мысли и слова: но опытами не приготовлен к делу, которое и для опытных затруднительно... Дают ему 14 000 руб. серебром в год; и устрояется нечто вспомогательное, под покровительством Высоких особ, но план устроения ещё не в ясных чертах». В декабре 1857 г. Кирилл прибыл в Константинополь и вскоре был представлен Константинопольскому и Иерусалимскому патриархам и членам Константинопольского Синода. Российский посланник Аполлинарий Петрович Бутенёв в донесении в Министерство иностранных дел отмечал, что Кирилл произвёл благоприятное впечатление на константинопольских церковнослужителей. Халкидонский митрополит Герасим высказался о пользе, которую могло бы иметь для Греческой церкви пребывание представителя Русской православной церкви. По словам А.П. Бутенёва, греческие иерархи приняли Кирилла как высокого посредника между ними и Русской церковью, как лицо, уполномоченное от Синода на решение важных церковных вопросов не только в Иерусалиме, но и в Константинополе. 10 января 1858 г. Кирилл и члены Русской духовной миссии в Иерусалиме выехали из Константинополя. После прибытия в Иерусалим епископ столкнулся с неустроенностью и незащищённостью русских паломников и поднял вопрос о необходимости открытия консульства, которое могло бы взять на себя часть организационных проблем паломников. Как писал епископу посланник А.П. Бутенёв, «содержание последних объяснений Ваших с Иерусалимским Патриархом Кириллом о необходимости учредить особый Консульский пост в Иерусалиме было мною в своё время доведено до сведения г. Министра иностранных дел, который, в ответ на сие, известил меня телеграфическою депешею от 8/20 февраля о предстоящем избрании консула во Святой Град». Не сумев подобрать достойной кандидатуры для нового консульского поста, Министерство иностранных дел и Российское общество пароходства и торговли, договорившись, отправили в Иерусалим агента Общества пароходства и торговли Владимира Ипполитовича Доргобужинова, не имевшего дипломатического опыта. 11 августа 1858 г. будущий консул писал Кириллу: «Я отправлюсь во Святой Град, где постоянною целью моих усилий будет способствовать Вашему Преосвященству в трудах вверенного Миссии дела с искреннею к нему любовью, полным убеждением в правоте начинаний наших и надеждою руководствоваться благосклонными советами и указаниями Вашими». Однако, как показал ближайший опыт, «ни любви, ни совета» между консульством и миссией не было. Уже в начале 1859 г. Кирилл, ища содействия константинопольского посланника, писал князю Алексею Борисовичу Лобанову-Ростовскому о ссоре с В.И. Доргобужиновым. Это привело к разладу их отношений и нарушило взаимодействие Русской духовной миссии в Иерусалиме и консульства. В мае 1859 г. в Иерусалим прибыл великий князь Константин Николаевич. Чтобы урегулировать конфликт между епископом и консулом, он определил каждому границы их деятельности, прав и обязанностей. Кириллу предписывалось осуществлять нравственное и духовное окормление русской паствы, церковное представительство, совершение богослужений, управление Русской духовной миссией в Иерусалиме, а также передавать консулу замечания в связи с обнаруженными недостатками в работе миссии.