На пути в Каменец-Подольский Кирилл посетил Москву, где из-за болезни задержался на полтора месяца. 27 мая прибыл в Каменец-Подольский. После Польского восстания 1830 г. отношения между римско-католическим и православным населением Подолии обострились. Подолия вошла в состав Российской империи в 1793 г. Помещики и ксёндзы оказывали противодействие православному духовенству, усилился прозелитизм среди православного населения. Епархиальные дела находились в застое. Предшественник Кирилла архиепископ Ксенофонт (Троепольский) редко совершал богослужения и не проповедовал. Прошения и жалобы оставались без удовлетворения, ставленников не рукополагали. Из-за недостатка священников во многих приходах не было пастырей, подольское духовенство всё менее внимательно относилось к исполнению своих обязанностей; бедные и сироты, число которых увеличилось из-за холеры 1830 г., оставались без помощи. Жалкое состояние епархии потребовало от Кирилла «умения действовать применительно к условиям местной жизни». Современники отмечали его энергию и неутомимую деятельность, а также деликатность при благоустройстве Каменец-Подольской епархии. Митрополит Филарет (Дроздов), к которому Кирилл обращался за советом, способствовал продвижению его дел в Синоде. Отвечая на жалобы Кирилла в связи с католическим прозелитизмом, Филарет писал в феврале 1834 г., что, «если ксёндзы совращают хитростью, пусть священники утверждают православных и приобретают инославных истиною. Истина должна быть сильнее хитрости. Внешнею властию не сделаешь всего для Церкви. Благодарение Богу, государство оказывает покровительство православию; нельзя требовать, чтобы оно отказалось от терпимости, которая, если умеренна, имеет свою справедливость». В 1832 г. по инициативе Кирилла началось издание «Подольских епархиальных ведомостей». Его попечением в духовной консистории был введён новый порядок обращения с документами: дела распределены по экспедициям, члены консистории отвечали за определённые дела по нескольким уездам и ежедневно докладывали о них архиерею. Для более эффективной работы консистории было усилено значение духовных правлений, которые по требованию Кирилла ежемесячно предоставляли ему ведомости о числе начатых и решённых дел, а также табели присутствия. В результате нововведений епархиальные дела решались быстро и беспристрастно. По словам подольского биографа Кирилла, «зала его во всякое время отверста была для просителей... Ласковый и обходительный со всеми, внимательный, он терпеливо и благосклонно выслушивал каждого просителя». Кирилл представил в Синод предложения об улучшении быта православного духовенства Подольской епархии; ходатайствовал о правах духовенства перед местным гражданским начальством, защищал его в судебных делах, содействовал примирению помещиков со священниками. Если в Вятской епархии сложилась поговорка: «Кирилл милости творил», то в Подолии о нём говорили: «Кирилл всех мирил». Уделяя особое внимание образованию, он предписал благочинным «способнейших и честного поведения диаконов высылать в Каменец и предлагать им учиться богословским наукам с таким правом, что если в продолжение двух лет окажутся успехи, то будут посвящаемы во священники». Кирилл ревностно заботился о благоустройстве уездных духовных училищ, заменявших русские учебные заведения, которых не было в Подольской епархии, в польских же народных школах преподавание велось на польском языке.