Особое внимание Кирилл уделял нравственно-религиозному воспитанию учащихся. По воспоминаниям очевидцев, когда студенты шли из залы в церковь, ректор стоял и считал по чёткам проходившие мимо пары учеников и потом сопровождал их вместе с инспектором в храм. По распоряжению Кирилла каждый студент Московской духовной академии должен был вести дневник; с 1823 г. были введены чтения из Минеи Четьи или из святоотеческих творений во время обеда и ужина. Архиепископ Филарет (Дроздов), который ревизовал в 1820 г. Московскую духовную академию, дал следующий отзыв о состоянии академии при Кирилле: «В старших из начальствующих и наставников усматривается и зрелость познаний, и сила действования на дух воспитанников. Младшие большею частию оправдывают надежду, восприятую при их избрании. Круг воспитанников представляется постепенно более сосредоточивающимся в стремлении к общей цели – к истинному образованию духа по законам деятельного христианства». По представлению Филарета (Дроздова) Кириллу была вынесена благодарность. Комиссия духовных училищ поручила Кириллу вместе с преподавателями Московской духовной академии, как перед тем в Санкт-Петербургской духовной академии, переводить книги Ветхого Завета. За время его ректорства были переведены книги Исход, Левит, Числа, часть Второзакония, Книга Неемии. В 1822 г. за диссертацию «Толкование на Послание апостола Павла к Евреям», а также за цикл лекций по богословию и проповеди Кирилл был удостоен степени доктора богословия. В Новоспасском монастыре он ввёл ежедневное чтение монашеского правила на вечерне, на котором присутствовал сам, когда находился в обители; при скромном окладе помогал родственникам. Об отношении Кирилла к монашеству свидетельствует его письмо племяннику, впоследствии архиепископу Костромскому Платону (Фивейскому): «До окончания курса я не признаю благовременным вступление в монашество; я желаю, чтобы сие избрание рода жизни было плодом глубокого познания себя самого, твёрдой решимости на безусловное послушание и крестный путь и неложного уверения в звании на то Божием, а не следствием только юного, неискушённого религиозного чувства. Не пленяйся так рано выгодами уединения. История времён и древних подвижников показывает, что внешняя жизнь юных монахов должна быть открыта; уединение есть достояние уже совершенных». В 1821 г., после избрания Филарета (Дроздова) на Московскую кафедру, Кирилл вновь служил под его непосредственным руководством. 26 октября 1824 г. он был хиротонисан во епископа Дмитровского, викария Московской епархии. Незадолго до этого, 20 октября, Филарет писал: «Богу угодно было дать мне Вас, возлюбленный брат, для ближайшей помощи. Приемлю волю Его с благодарением; примите и Вы с послушанием. Надеюсь единодушия: при нём будем носить немощи друг друга». 26 марта 1827 г. Кирилл был назначен епископом Вятским и Слободским. О прощании его с Московской епархией сохранился рассказ князя Сергея Михайловича Голицына. «Помню, – вспоминал князь, – приезжаю я к митрополиту, застаю у него и Кирилла. “Знаете ли новость? – сказал митрополит. – Его (указывая на Кирилла) берут от нас”. И прежде я заметил, что он грустен, а при этих словах митрополита он навзрыд заплакал. “Ну как не стыдно Вам плакать, преосвященный”, – сказал митрополит. “Это должно быть приятно для Вас, – сказал я, – стало быть, он любил Вас и ему тяжело расставаться”».