В 1901–1903 гг. А.А. Киреев принимал участие в работе Религиозно-философских собраний; в деятельности собраний видел возможность поспособствовать воцерковлению русского культурного общества. А.А. Киреев отмечал, что церковное правительство мало заботится о духовных требованиях интеллигенции, сконцентрировав всё внимание на простонародье, например, на прославлении новых святых (Серафима Саровского и княгини Анны Кашинской). Их канонизация, по мнению А.А. Киреева, ничего не вносит нового в «нашу этику, в наше сознание» (Дневник (1909–1910 гг.) // Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). А.А. Киреев вёл полемику с Василием Васильевичем Розановым по вопросу о расторжении брака. На 20-м заседании Религиозно-философских собраний А.А. Киреев сделал доклад о догмате в православной традиции. Возражая на обвинения в адрес церкви, что она закоснела в догматизме, лишилась духовных сил, он указывал на необходимое различение «божественного» и «человеческого» в учении церкви. А.А. Киреев отмечал: «...Современный церковный строй, несомненно, даёт повод к жестокой критике, но при чём тут Церковь! Мы плохи, мы виноваты, а не она..., мы выдумываем излишний, а иногда и нелепый догматизм, а не она; её догматизм истинен и необходим!». Среди прочего А.А. Киреев утверждал, что «мы, русские, мало склонные к метафизическим глубинам философии грека и совершенно не умеющие вращаться в сфере юридической мысли римлянина, призваны основать свою собственную русскую культуру, которая, несомненно, будет держаться не на метафизике и не на праве, а на этике». Современники А.А. Киреева полагали, что он преувеличивал значение нравственного учения христианства в ущерб догматическому учению. Фёдор Дмитриевич Самарин писал, что А.А. Киреев «держится того убеждения, будто догматическое учение Церкви закончило свой круг и в настоящее время деятельность Церкви должна получить, как он выражается, преимущественно этический характер..., если учение веры уже вполне закончено, и в этой области работа религиозной мысли уже остановилась навсегда, то значительная этическая сторона христианства должна развиваться теперь совершенно самостоятельно, как нечто особое, хотя и выросшее на основе догматического учения?». А.А. Киреев не раз признавался, что в философии он интересовался лишь одной этикой (Дневник (1884–1887 гг.) // Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Протопресвитер И.Л. Янышев указывал А.А. Кирееву на неточность его отдельных выражений, на что А.А. Киреев, возражая, отвечал, что в его «деятельности по ст(аро)катол(ическому) вопросу дело не в точности выражений, а в силе самой деятельности» (Дневник (1887–1894 гг.) // Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). 23 сентября 1903 г. А.А. Киреев был избран почётным членом Московской духовной академии «во уважение к его многолетней и ревностной деятельности на служение делу сближения старокатоликов с Православною Церковью». Похоронен А.А. Киреев в селе Новая Александровка Козловского уезда Тамбовской губернии (ныне село Новиково Староюрьевского района Тамбовской области). Сочинения А.А. Киреева были изданы посмертно в 1912 г. в двух частях, однако в это издание вошли далеко не все его публикации. Дневник, часть переписки и другие материалы из личного архива А.А. Киреев передал на хранение в Румянцевский музей (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки).