Понимание А.А. Киреевым формулы «трёх великих государственных начал», некогда сформулированной графом Сергеем Семёновичем Уваровым, министром народного просвещения в царствование императора Николая I, отличалось от официальной её интерпретации. По словам А.А. Киреева, «только Православная Церковь, в которой уравновешены свобода и авторитет, Церковь, неизменная в своём божественно-установленном учении, может не только выполнить своё высшее назначение относительно каждого отдельного христианина, но и дать высшее освящение (высшую санкцию) государству; только она превращает политическое Российское государство в «Святую Русь», то есть в государство-Церковь, чем наше отечество и должно оставаться вечно и неизменно». В православии заключается залог самобытного, духовного значения России, «её вселенского исторического значения». Каноническое устройство православной церкви, её деление на поместные церкви, по мысли А.А. Киреева, оборотной стороной имеет тенденцию к обособлению. В состоянии раздробленности поместные церкви практически лишены возможности поддерживать друг друга в случае опасности или нужды. Для исцеления этого «главнейшего недуга нашей Церкви» А.А. Киреев считал необходимым возрождение практики созыва Вселенских соборов: «...Нам следует понять и помнить, что для Церкви вне соборного, совещательного начала нет и жизни; что там, где оно оскудевает, оскудевает и самая жизнь; там, где ему ставят преграды, Церковь теряет свою духовную мощь и превращается в административный организм, в департамент!». Во главе Собора, по мнению А.А. Киреева, мог бы стать русский император, несмотря на все политические трудности, которые повлёк бы за собой этот шаг. А.А. Киреев ратовал не только за теснейшее единение православных церквей, но и за объединение с западными христианами, католиками и протестантами. По словам А.А. Киреева, в этом вопросе «открывается широкое поле для нашего великого, святого мессианизма на Западе!.. Мы можем и должны помочь западному христианству снова сделаться православным, а затем и воссоединиться с нами. Это великое и святое дело, достойное нашего верующего народа и нашей святой Церкви». В публикациях А.А. Киреев отстаивал особое, «славянофильское самодержавие». По его мнению, существует три типа самодержавия: бюрократическое, т.е. абсолютная монархия, которая опирается, главным образом, на чиновничество и существует в России со времён императора Петра I; самодержавие славянофильского типа, учитывающее общественное мнение и интересы различных групп населения; cамодержавие западнического типа, которое выражается в разных видах западной конституционной монархии. Типологически близким к бюрократическому самодержавию А.А. Киреев считал устройство Римско-католической церкви с абсолютной верховной властью папы Римского, провозглашённой на первом Ватиканском соборе (1869–1870 гг.). Чтобы не превратиться в деспотию, русскому самодержавию, по мысли А.А. Киреева, необходимо вернуться к идеалам допетровской Руси и опираться не на бюрократический аппарат, а на народ.