К иконопочитанию, особенно к чудотворным иконам, А.А. Киреев относился «с крайней осторожностью», полагая, что «ни в догматическом постановлении вселенского собора, ни в катехизисе о чудотворных иконах совершенно не упоминается». Не отрицая веры в «чудеса евангельские», совершённые Самим Богом, А.А. Киреев, тем не менее, считал, что большинство чудес, особенно связанных с исцелением, происходят благодаря самовнушению или гипнозу, как, например, заговоры, чудеса в Лурде или исцеления, совершённые Иоанном Кронштадтским (Дневник (1909–1910 гг.) // Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Близко знавший А.А. Киреева Л.А. Тихомиров писал в воспоминаниях, что А.А. Киреев был искренне верующим человеком, только «немножко не с русским оттенком». В полемических статьях А.А. Киреев обсуждал догматические вопросы, такие как проблема Filioque, корректность использования термина «пресуществление», характер экклезиологии старокатолических церквей и т.д. В конце 1870 гг. А.А. Киреев рассматривал вопрос о Filioque с философских позиций, обсуждая его с М.Н. Катковым и В.С. Соловьёвым; считал, что если у «Христа была способность фактической эмиссии (Святого Духа) во времени, то потенциально такая же способность была вечно и у Логоса» (Дневник (1876–1878 гг.) // Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В начале 1890 гг. А.А. Киреев по вопросу о Filioque поддержал точку зрения В.В. Болотова, вместе с которым участвовал в Синодальной комиссии по диалогу со старокатоликами. В.В. Болотов считал, что учение об исхождении Святого Духа от Отца и Сына есть теологумен, который не может считаться непреодолимым препятствием для восстановления общения между православной церковью и старокатоликами. Тезисы В.В. Болотова, благоприятные для старокатолической стороны, впервые были переведены А.А. Киреевым на немецкий язык и опубликованы без указания имени автора в журнале «Revue internationale de théologie» в 1898 г. Вопрос о термине «пресуществление» («transubstantiatio») А.А. Киреев считал философским (о термине см. в ст. Евхаристия). По его убеждению, термин этот неуместен в православном богословии не только потому, что имеет западное происхождение, не был знаком отцам древней церкви и слишком материалистически объясняет таинство евхаристии, но и потому, что он основывается на устаревшей, по мнению А.А. Киреева, философии Аристотеля. Среди православных богословов близкими себе по взглядам на таинство евхаристии А.А. Киреев считал А.С. Хомякова, В.В. Болотова, с сочувствием отзывался о Кирилле I (Лукарисе). Продолжением начатого А.А. Киреевым спора о «пресуществлении» стала рецензия священника Павла Александровича Флоренского на исследование профессора Киевской духовной академии Владимира Зеноновича Завитневича «Алексей Степанович Хомяков» (Киев, 1902 г., том 1, том 2), а также комментарии священника П.А. Флоренского к опубликованным им письмам Ф.Д. Самарина. Священник П.А. Флоренский вопреки точке зрения А.С. Хомякова отмечал необходимость использования термина «пресуществление» для выражения существа таинства евхаристии.