В одном из произведений писатель критикует сближение царя с иноземцами: «Да уже общаются с иноземцы, подобне мнози навыкоша делом их. Ибо своего государства отеческия постоянныя воздержныя обычаи и нравы охуждают, иноязыческия же и еретическия, возбраненныя Церковью дела, паче же Самим Богом заповеданныя не творити, хвалят и творят, яко брады на лице своем бриют, блудническ соделовающе вид свой, пити, гуляти, играти, исполняти похотения своя злая с еретиками проклятыми по кокуем». Кроме того, в 1690 гг. Карион К., занимаясь вопросами воспитания царевича Алексея Петровича, общался с царицей Евдокией Фёдоровной (её брак с Петром пытался сохранить патриарх Адриан). Всё это не могло нравиться Петру, поэтому после смерти патриарха Адриана Карион утратил прежнее положение. 15 ноября 1701 г. он ушёл с Печатного двора, но продолжил литературную деятельность. Среди произведений этого периода исследователи отмечают службу св. Донату (написана по заказу боярина Н.И. Иакинфова в 1704 г.), службу и молитву Ипатию, епископу Гангрскому (написана в марте 1707 г.), службу св. князю Даниилу Московскому (написана по заказу игумена Даниловского монастыря Макария и старца Кариона (Борина), бывшего царского дьяка, в 1711 г.). В 1712 г. Кариона по просьбе Новгородского митрополита Иова перевели в Новгород, он должен был преподавать в организованной там школе и переводить книги с греческого и латинского языков. Позднее писатель вернулся в Москву. Сведений о трудах Кариона в Новгороде и о причинах его возвращения в столицу не сохранилось. Последнее сочинение Кариона («Слово об иконах Оковецких») создано в Чудовом монастыре и поднесено его заказчику Г.С. Нелединскому-Мелецкому в апреле 1718 г. Похоронен Карион в Чудовом монастыре. Литературное наследие Кариона обширно, опубликована его незначительная часть. Преимущественно оно сохранилось в составе личного архива писателя. В сборниках автографов из Чудовского собрания Исторического музея «отложились черновики, наброски сочинений и писем, заметки дневникового характера». Труды Кариона известны исследователям также в беловых авторских и писарских, подписанных автором рукописях. Сочинения Кариона распространялись при жизни автора, переписчики, по мнению исследователей, могли объединять его стихи под одним переплётом со стихотворениями Симеона Полоцкого. Исследователи отмечают, что для творчества Кариона характерны вариативность и неустойчивость текстов, использование одних и тех же словесных блоков в разных произведениях. Спорные вопросы биографии и атрибуции сочинений Карион обусловлены тем, что имя Карион носили несколько писателей рубежа XVII и XVIII вв. Карион откликался на все важнейшие события жизни России и царского двора. В его творчестве отразились борьба со старообрядчеством, стрелецкие бунты конца XVII в., войны с Оттоманской Портой, Крымские походы князя Василия Васильевича Голицына, Азовские походы Петра I, победы русского оружия в Северной войне.