В 1860 гг. рака Иакова и верхняя серебряная риза были «вызолочены червонным золотом через огонь, а вокруг нея, на все пространстве верхней доски, вновь сделаны оклады апплике; картины событий из жизни Преподобного прочищены и сделаны над ними соответствующие надписи». В 1912 г., при игумене Мелхиседеке, рака была заново посеребрена и покрыта стеклянным футляром. В настоящее время новая деревянная резная рака святого установлена в церкви Рождества Богородицы Железноборовского монастыря под деревянной резной сенью (воспроизводит формы старой), украшенной в 2008 г. тремя иконами с житийными сюжетами работы монаха Иакова (Русскова). На живописной крышке раки – ростовое изображение Иакова с развёрнутым свитком (текст: Гал. 5:22–23) в левой руке и с молитвенно приложенной к груди правой (работа и вклад художника А. Константинова, 2002 г.). В иконописи образ Иакова представлен также в композиции «Собор русских святых». На иконе первой половины XIX в. из старообрядческой моленной на Волковом кладбище в Санкт-Петербурге (Музей истории религий) Иаков изображён в правой группе преподобных (крайний в четвёртом ряду), голова не покрыта, куколь с красными крестами лежит на плечах, борода окладистая, на нимбе надпись: «п Iковъ Костромско(и)» (по мнению исследователей, мастер перепутал указания подлинников или сделал ошибку в надписях соимённых святых Иакова Железноборовского и Иакова Галичского, показанного в куколе с клиновидной бородой). Образ Иакова в куколе с надписью «Костромский» представлен в верхнем ряду правой группы преподобных на иконе 1814 г. письма старообрядческого мастера Петра Тимофеева (Русский музей). Изображение Иакова есть на аналогичных поморских иконах: конца XVIII – начала XIX вв. (Музей изобразительных искусств Республики Карелия), первой половины XIX в. из деревни Чаженьга Каргопольского района Архангельской области (Третьяковская галерея). В иконописи XX в. образ Иакова был введён в группу Костромских чудотворцев (в первом ряду второй справа) в композиции «Все святые, в земле Русской просиявшие» монахини Иулиании (Соколовой; иконы 1934 г., начала 1950 гг., конца 1950 гг., ризница Троице-Сергиевой лавры). Эта композиция неоднократно воспроизводилась в конце XX – начале XXI вв. Образ Иакова с непокрытой головой (в правой группе святых, во втором ряду, второй от центра) включён в Собор Костромских чудотворцев на иконе 2001 г. работы костромского мастера Евгения Павловича Тисова (Богоявленский собор Анастасиина монастыря в Костроме). Примером современной иконографии Иакова является единоличная икона святого из Богоявленского собора Анастасиина монастыря – Иаков изображён на фоне Железноборовского монастыря, в молении в рост, с развёрнутым свитком в левой руке, правая в молитвенном жесте обращена к благословляющей деснице Господней в небесном сегменте. В традициях византийской стилистики исполнена фреска с поясным изображением Иакова (с благословляющей десницей и со свитком в левой руке, в медальоне) в Троицком соборе Пахомиева Нерехтского Сыпанова монастыря (2004 г., иконописец Анатолий Валерьевич Алёшин).