В Смутное время часовня вместе с другими постройками обители была сожжена. 5 мая 1613 г., во время восстановительных работ в монастыре, совершилось обретение мощей Иакова, как полагают исследователи, оставленных тогда под спудом. В 1667 г. в Железноборовском монастыре был возведён новый деревянный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы взамен сгоревшего в 1647 г.; в храме был придел во имя Иакова, где под спудом почивали его мощи. 1 марта 1675 г. по благословению игумена Досифея над погребением Иакова была поставлена деревянная резная гробница. В 1728–1731 гг. построили новую деревянную пятиглавую соборную церковь в честь Рождества Богородицы с приделом во имя Иакова. В 1743–1757 гг. на месте деревянной церкви был воздвигнут каменный пятиглавый Рождество-Богородицкий храм с северным приделом, посвящённым Иакову. В 1837 г. над его погребением установили чеканную медно-посеребренную раку и деревянную вызолоченную сень, в 1912 г. обновили посеребренное покрытие раки и установили над ней стеклянный футляр. Рядом с ракой до 1929 г. хранились двое железных вериг Иакова, каменный крест, обложенный медью (по преданию, принадлежавший Иакову), и кольчуга, оставленная в монастыре великим князем Василием II. 4–6 мая 1913 г. в связи с 300-летием обретения мощей Иакова в Железноборовском монастыре, в городе Буй и в Буйском уезде прошли празднования, которые возглавил викарий Костромской епархии Кинешемский епископ Арсений (Тимофеев). В 1919 г. Железноборовский монастырь был преобразован в сельскохозяйственную артель. 16 июня 1929 г., в ходе суда над игуменом монастыря Серафимом (Гусевым) и другими насельниками, были вскрыты надгробие и склеп-захоронение Иакова в церкви Рождества Богородицы. Мощей в гробнице не оказалось. Исследователи полагают, что монахи накануне тайно извлекли их и, возможно, перезахоронили на территории монастыря. В октябре 1929 г. монастырь был закрыт, в 1930 гг. его храмы использовались для хранения зерна, в 1947 г. в обители разместилась машинно-тракторная станция, в 1960–1990 гг. строения монастыря стояли заброшенными. 1 мая 1995 г. указом Костромского и Галичского архиепископа Александра (Могилёва) в монастыре было организовано подворье Ипатьевского во имя Святой Троицы монастыря, в 2004 г. подворье преобразовано в монастырь. Вериги Иакова ныне находятся в Буйском краеведческом музее, куда они поступили от жительницы села Борок, хранившей их с 1929 г. В надписях в рукописных Минеях 1536 и 1541 гг. (Государственный архив Костромской области), а также в Евангелии 1570 г. Иаков назван «преподобным», «преподобным... чудотворцем». Основываясь на том, что в 1628 г. в костромской церкви Успения, что на Волге, был придел во имя «Якова, Боровского чюдотворца», Евгений Евстигнеевич Голубинский считал, что установление местной памяти Иакова совершалось до 1628 г. Посвящённый Иакову придел существовал в 1635 г. в Борисоглебской церкви в Галиче. Память Иакову под 21 марта и под 6 мая (второй день указан как день преставления святого) приведена в месяцеслове Российской национальной библиотеки (XVII в.); проложная память есть в святцах Российской национальной библиотеки (XVII в.). Иаков упоминается в «Описании о российских святых» (сочинение известно в списках XVIII–XIX вв.) и в «Повести о российских святых угодниках» (Российская национальная библиотека, XVIII в.).