И. Джорджевич и Е. Кирьякудис датируют эти фрески 1358–1364 гг. и атрибутируют их мастерам, расписавшим парекклисион Николая Чудотворца и участвовавшим во второй фазе создания росписей внутреннего экзонартекса в монастыре Иоанна Предтечи. А. Страти предлагает датировку 1360–1370 гг. и указывает на их сходство с фресками парекклисиона св. Архангелов монастыря Хиландар. Фрески расположены в средней и нижней зонах южной стены (в средней зоне – изображения в медальонах трёх отроков Вавилонских, святых Трифона, Космы и Пантелеимона, в нижней – «Святой Иоанн Предтеча Ангел пустыни», обращённый к благословляющему с небес Христу, образы апостола Петра, пророка Захарии и преподобного Антония Великого), в диаконнике и апсиде («Служба св. отцов»). К декорации 1535 г. исследователи относят образ Божьей Матери «Влахернитиссы» в конхе апсиды, изображения в жертвеннике, сцены «Благовещение», «Преображение Господне» и «Целование Богородицы и праведной Елисаветы». По мнению исследователей, в более позднее время была выполнена композиция «Успение Богородицы» в верхней части западной стены. Иконы Христа Вседержителя, Божьей Матери «Одигитрия» и св. Иоанна Предтечи (1776 г.) из иконостаса парекклисиона были переданы в 1988 г. Максимом (Ксидасом), митрополитом Серрским и Нигритским, в Церковный музей города Серес. Кафоликон, построенный в начале XIV в., представляет собой купольное здание с прямоугольным алтарным пространством с тремя апсидными нишами, которые выдаются на восток гранёными объёмами. Наос почти полностью перекрыт куполом, опирающимся на арки, которые перекинуты между невысокими столбами, встроенными в углы четверика. Такой тип исследователи считают характерным для небольших балканских храмов поздневизантийского периода. В южной части нартекса (или месониктикона – места совершения полунощницы) находятся гробницы основателя монастыря Иоанна Предтечи епископа Иоанникия и Константинопольского патриарха Геннадия II Схолария. Наос с нартексом первоначально с трёх сторон был обстроен галереей. Пространство между столбами открытого внутреннего экзонартекса (по местной традиции именуемого «энати», т.к. в нём читался девятый час) было заложено после смерти преподобного Иоанна – в 1345–1355 гг., при Стефане IV Душане (по мнению Х. Халленслебена), или в 1358–1364 гг. Николаем Радоней (согласно Е. Кирьякудису). В середине XIV в. над экзонартексом был надстроен парекклисион Николая Чудотворца, в котором были похоронены сестра деспота Иоанна Углеши Елена и две её дочери – в аркосолии был помещён ковчег с их останками. Относительно времени сооружения парекклисиона нет единого мнения. А. Ксингопулос считал, что он мог быть построен как при преподобном Иоанне, так и при Стефане IV Душане. Х. Халленслебен отнёс устройство парекклисиона ко времени Стефана Душана, а Е. Кирьякудис – к 1358–1364 гг., полагая, что он был изначально задуман как погребальная часовня. Строительство над экзонартексом миниатюрного купольного храма погребального характера исследователи считают редчайшим случаем для поздневизантийской архитектуры. Впоследствии на месте северной галереи были сооружены парекклисионы во имя Спиридона Тримифунтского и преподобного Иоанна, ктитора монастыря Иоанна Предтечи, а на месте южной галереи – протяжённый нартекс (макринарикион).