Большую роль в управлении монастырём играл совет старцев, состоявший из четырёх человек. Этот Типикон был утверждён сигиллием Константинопольского патриарха Исаии (1325 г.). Он сохранился в редакции 1332 г. В 1322–1325 гг., как полагают исследователи, в результате гражданской войны в Византии между Андроником II и его внуком Андроником III, которого поддерживал епископ Иоаким, монастырь Иоанна Предтечи был покинут монахами. В 1332 г. Иоаким оставил Зихнийскую кафедру, удалился в монастырь Иоанна Предтечи и принял великую схиму с именем Иоанн; скончался 12 декабря 1333 г. Монастырь стяжал громкую славу, и ему делались богатые пожертвования. Например, Ипомона, жена сакеллария Георгия Мурмура, в 1339 г. передала монастырю Иоанна Предтечи небольшую обитель св. Георгия Крионерита близ Серр (восстановлена в 1863 г.); Константин Холевиар в 1342 г. – церковь Продромуди в Серрах (восстановлена в 1819 г.); Ирина Хумнина в 1355 г. – церковь в селении Фолос с угодьями. Сербский король Стефан IV Душан, захвативший в 1345 г. Серры, гарантировал неприкосновенность владений монастыря (селения Моноспита, Лаккос, Кераница, Тополскос, Раховица и др.) и наделил его новыми имениями. Его супруга Елена также покровительствовала монастырю Иоанна Предтечи. После смерти мужа она приняла монашеский постриг с именем Елисавета и, по преданию, некоторое время жила в монастыре Иоанна Предтечи, в монастырской башне, где построила часовню (не сохранилась). В качестве исключения Елена получила право на посещение Святой Горы. Исследователи полагают, что данное ей разрешение распространялось и на другие монастыри, где действовал аватон (в том числе и на монастырь Иоанна Предтечи). Деспот Иоанн Углеша (1365–1371 гг.) подарил монастырю Иоанна Предтечи пастбища, которые до сих пор носят его имя. Парекклисион Николая Чудотворца (над внутренним экзонартексом кафоликона), в котором были похоронены сестра Иоанна Углеши Елена и две её дочери, был украшен фресками по заказу её мужа Николая Радони. В 1371–1373 гг., во время первого захвата Серр турками, монастырь Иоанна Предтечи получил фирман султана Мурада I (1372 г.), признававший привилегии монастыря (впоследствии подтверждаемые фирманами и других султанов) и освобождавший его от налогов. Исследователи предполагают, что это благоволение было связано с гарантиями, полученными монастырём Иоанна Предтечи от султана Османа (1290–1326 гг.), к которому в своё время монахи отправляли посольство в Прусу (ныне Бурса). Это посольство возглавлял богатый грек Маргарит, происходивший из села Като-Нуска (ныне Дафнуди) и принявший в монастыре Иоанна Предтечи постриг с именем Иоасаф. Он упоминается также в простагме Андроника II и в хрисовуле Стефана Душана. По его имени турки назвали монастырь Иоанна Предтечи «Маргарит монастыр». По преданию, в годы, предшествовавшие падению Константинополя (1453 г.), в монастыре Иоанна Предтечи подвизался преподобномученик Рафаил (см. в ст. Рафаил, Николай, преподобномученики, и Ирина, мученица), переселившийся в 1454 г. на Лесбос. В монастыре Иоанна Предтечи также жил Константинопольский патриарх Геннадий II Схоларий после первого и третьего ухода с Патриаршей кафедры (1457–1463, 1465 – 1472/1473 гг.). Он был похоронен в южной части нартекса, в 1854 г. его мощи были обретены и положены в раку.